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タイトルDesigned, Programmable Protein Cages Utilizing Diverse Metal Coordination Geometries Show Reversible, pH-Dependent Assembly.
ジャーナル・号・ページMacromol Rapid Commun, Vol. 46, Issue 6, Page e2400712, Year 2025
掲載日2024年12月16日
著者Norbert Osiński / Karolina Majsterkiewicz / Zuzanna Pakosz-Stępień / Yusuke Azuma / Artur P Biela / Szymon Gaweł / Jonathan G Heddle /
PubMed 要旨The rational design and production of a novel series of engineered protein cages are presented, which have emerged as versatile and adaptable platforms with significant applications in biomedicine. ...The rational design and production of a novel series of engineered protein cages are presented, which have emerged as versatile and adaptable platforms with significant applications in biomedicine. These protein cages are assembled from multiple protein subunits, and precise control over their interactions is crucial for regulating assembly and disassembly, such as the on-demand release of encapsulated therapeutic agents. This approach employs a homo-undecameric, ring-shaped protein scaffold with strategically positioned metal binding sites. These engineered proteins can self-assemble into highly stable cages in the presence of cobalt or zinc ions. Furthermore, the cages can be disassembled on demand by employing external triggers such as chelating agents and changes in pH. Interestingly, for certain triggers, the disassembly process is reversible, allowing the cages to reassemble upon reversal or outcompeting of triggering conditions/agents. This work offers a promising platform for the development of advanced drug delivery systems and other biomedical applications.
リンクMacromol Rapid Commun / PubMed:39676522 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.76 - 4.31 Å
構造データ

18904

8r59

EMDB-18904, PDB-8r59:
Structure of the Co(II) triggered TRAP (S33HK35H) protein cage (levo form)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.86 Å

18905

8r5a

EMDB-18905, PDB-8r5a:
Structure of the Co(II) triggered TRAP (S33HK35H) protein cage (dextro form)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.84 Å

EMDB-18906: Structure of the Zn(II) triggered TRAP (S33HK35H) protein cage (levo form)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.96 Å

EMDB-18907: Structure of the Zn(II) triggered TRAP (S33HK35H) protein cage (dextro form)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.31 Å

EMDB-18908: Structure of the Zn(II) triggered TRAP (K35C) protein cage (levo form)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.76 Å

EMDB-18909: Structure of the Zn(II) triggered TRAP (K35C) protein cage (dextro form)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.76 Å

化合物

ChemComp-CO:
Unknown entry

由来
  • geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / TRAP protein / protein cage

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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