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タイトルCryo-EM analysis of complement C3 reveals a reversible major opening of the macroglobulin ring.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 32, Issue 5, Page 884-895, Year 2025
掲載日2025年1月23日
著者Trine Amalie Fogh Gadeberg / Martin Høgholm Jørgensen / Heidi Gytz Olesen / Josefine Lorentzen / Seandean Lykke Harwood / Ana Viana Almeida / Marlene Uglebjerg Fruergaard / Rasmus Kjeldsen Jensen / Philipp Kanis / Henrik Pedersen / Emil Tranchant / Steen Vang Petersen / Ida Buch Thøgersen / Birthe Brandt Kragelund / Joseph Anthony Lyons / Jan Johannes Enghild / Gregers Rom Andersen /
PubMed 要旨The C3 protein is the central molecule within the complement system and undergoes proteolytic activation to C3b in the presence of pathogens. Pattern-independent activation of C3 also occurs via ...The C3 protein is the central molecule within the complement system and undergoes proteolytic activation to C3b in the presence of pathogens. Pattern-independent activation of C3 also occurs via hydrolysis, resulting in C3(HO), but the structural details of C3 hydrolysis remain elusive. Here we show that the conformation of the C3(HO) analog, C3MA, is indistinguishable from C3b. In contrast, the reaction intermediate C3* adopts a conformation dramatically different from both C3 and C3MA. In C3*, unlocking of the macroglobulin (MG) 3 domain creates a large opening in the MG ring through which the anaphylatoxin (ANA) domain translocates through a transient opening. C3MA formation is inhibited by an MG3-specific nanobody and prevented by linking the ANA domain to the C3 β-chain. Our study reveals an unexpected dynamic behavior of C3 and forms the basis for elucidation of the in vivo contribution of C3 hydrolysis and for controlling complement upon intravascular hemolysis and surface-contact-induced activation.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:39849196
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 11.4 Å
構造データ

17103

8oq3

EMDB-17103, PDB-8oq3:
Structure of methylamine treated human complement C3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-17325: Focused Cryo-EM map on TE-CUB of C3*
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.8 Å

EMDB-17326: Focused Cryo-EM map on MG-ring of C3*
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.7 Å

EMDB-17327: Combined map of C3* (composite structure)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.1 Å

EMDB-17328: Homogeneously refined Cryo-EM map centred on MG7 of C3*
手法: EM (単粒子) / 解像度: 11.4 Å

EMDB-51524: Maps from particle subsets of methylamine treated human complement C3 showing three distinct ANA positions
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • lama glama (ラマ)
キーワードIMMUNE SYSTEM / innate immune system / complement / activation / nanobody

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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