[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルMolecular basis for selective uptake and elimination of organic anions in the kidney by OAT1.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 30, Issue 11, Page 1786-1793, Year 2023
掲載日2023年7月23日
著者Joanne L Parker / Takafumi Kato / Gabriel Kuteyi / Oleg Sitsel / Simon Newstead /
PubMed 要旨In mammals, the kidney plays an essential role in maintaining blood homeostasis through the selective uptake, retention or elimination of toxins, drugs and metabolites. Organic anion transporters ...In mammals, the kidney plays an essential role in maintaining blood homeostasis through the selective uptake, retention or elimination of toxins, drugs and metabolites. Organic anion transporters (OATs) are responsible for the recognition of metabolites and toxins in the nephron and their eventual urinary excretion. Inhibition of OATs is used therapeutically to improve drug efficacy and reduce nephrotoxicity. The founding member of the renal organic anion transporter family, OAT1 (also known as SLC22A6), uses the export of α-ketoglutarate (α-KG), a key intermediate in the Krebs cycle, to drive selective transport and is allosterically regulated by intracellular chloride. However, the mechanisms linking metabolite cycling, drug transport and intracellular chloride remain obscure. Here, we present cryogenic-electron microscopy structures of OAT1 bound to α-KG, the antiviral tenofovir and clinical inhibitor probenecid, used in the treatment of Gout. Complementary in vivo cellular assays explain the molecular basis for α-KG driven drug elimination and the allosteric regulation of organic anion transport in the kidney by chloride.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:37482561 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.43 - 3.94 Å
構造データ

16269

8bvr

EMDB-16269, PDB-8bvr:
Cryo-EM structure of rat SLC22A6 in the apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.52 Å

16270

8bvs

EMDB-16270, PDB-8bvs:
Cryo-EM structure of rat SLC22A6 bound to tenofovir
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.61 Å

16271

8bvt

EMDB-16271, PDB-8bvt:
Cryo-EM structure of rat SLC22A6 bound to probenecid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.94 Å

16280

8bw7

EMDB-16280, PDB-8bw7:
Cryo-EM structure of rat SLC22A6 bound to alpha-ketoglutaric acid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.53 Å

16977

8omu

EMDB-16977, PDB-8omu:
Cryo-EM structure of rat SLC22A6 bound to alpha-ketoglutaric acid in a low occupancy state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.43 Å

化合物

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩

ChemComp-TFO:
[2-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-1-METHYLETHOXY]METHYLPHOSPHONIC ACID / テノホビル / 薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM / テノホビル

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド / 塩化物

ChemComp-RTO:
4-(dipropylsulfamoyl)benzoic acid / プロベネシド

ChemComp-AKG:
2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸 / Α-ケトグルタル酸

由来
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / transporter (運搬体タンパク質) / METAL TRANSPORT

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る