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Structure paper

タイトルStructures of 's respiratory chain reveal the diversity of eukaryotic core metabolism.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 376, Issue 6595, Page 831-839, Year 2022
掲載日2022年5月20日
著者Long Zhou / María Maldonado / Abhilash Padavannil / Fei Guo / James A Letts /
PubMed 要旨Respiration is a core biological energy-converting process whose last steps are carried out by a chain of multisubunit complexes in the inner mitochondrial membrane. To probe the functional and ...Respiration is a core biological energy-converting process whose last steps are carried out by a chain of multisubunit complexes in the inner mitochondrial membrane. To probe the functional and structural diversity of eukaryotic respiration, we examined the respiratory chain of the ciliate (Tt). Using cryo-electron microscopy on a mixed sample, we solved structures of a supercomplex between Tt complex I (Tt-CI) and Tt-CIII (Tt-SC I+III) and a structure of Tt-CIV. Tt-SC I+III (~2.3 megadaltons) is a curved assembly with structural and functional symmetry breaking. Tt-CIV is a ~2.7-megadalton dimer with more than 50 subunits per protomer, including mitochondrial carriers and a TIM8-TIM13-like domain. Our structural and functional study of the respiratory chain reveals divergence in key components of eukaryotic respiration, thereby expanding our understanding of core metabolism.
リンクScience / PubMed:35357889 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.6 - 3.43 Å
構造データ

25882

7tgh

EMDB-25882, PDB-7tgh:
Cryo-EM structure of respiratory super-complex CI+III2 from Tetrahymena thermophila
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

32325

7w5z

EMDB-32325, PDB-7w5z:
Cryo-EM structure of Tetrahymena thermophila mitochondrial complex IV, composite dimer model
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.02 Å

EMDB-32631: Cryo-EM structure of ATP synthase dimer from Tetrahymena thermophila
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.92 Å

EMDB-32632: Cryo-EM structure of ATP synthase dimer from Tetrahymena thermophila
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.43 Å

化合物

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

ChemComp-U10:
UBIQUINONE-10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)

ChemComp-HEC:
HEME C

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-NDP:
NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH

ChemComp-ZMP:
S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN

ChemComp-HEA:
HEME-A

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • tetrahymena thermophila (真核生物)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Mitochondrial respiration / Electron transport chain / Oxidoreductase / Super-complex CI+III2 / ELECTRON TRANSPORT / cytochrome c oxidase / mitochondrial carrier / membrane complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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