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タイトルSub-3-Å cryo-EM structure of RNA enabled by engineered homomeric self-assembly.
ジャーナル・号・ページNat Methods, Vol. 19, Issue 5, Page 576-585, Year 2022
掲載日2022年5月2日
著者Di Liu / François A Thélot / Joseph A Piccirilli / Maofu Liao / Peng Yin /
PubMed 要旨High-resolution structural studies are essential for understanding the folding and function of diverse RNAs. Herein, we present a nanoarchitectural engineering strategy for efficient structural ...High-resolution structural studies are essential for understanding the folding and function of diverse RNAs. Herein, we present a nanoarchitectural engineering strategy for efficient structural determination of RNA-only structures using single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM). This strategy-ROCK (RNA oligomerization-enabled cryo-EM via installing kissing loops)-involves installing kissing-loop sequences onto the functionally nonessential stems of RNAs for homomeric self-assembly into closed rings with multiplied molecular weights and mitigated structural flexibility. ROCK enables cryo-EM reconstruction of the Tetrahymena group I intron at 2.98-Å resolution overall (2.85 Å for the core), allowing de novo model building of the complete RNA, including the previously unknown peripheral domains. ROCK is further applied to two smaller RNAs-the Azoarcus group I intron and the FMN riboswitch, revealing the conformational change of the former and the bound ligand in the latter. ROCK holds promise to greatly facilitate the use of cryo-EM in RNA structural studies.
リンクNat Methods / PubMed:35501384
手法EM (単粒子)
解像度2.85 - 5.9 Å
構造データ

24281

7r6l

EMDB-24281, PDB-7r6l:
5 prime exon-free pre-2S intermediate of the Tetrahymena group I intron, symmetry-expanded monomer from a synthetic dimeric construct
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.85 Å

24282

7r6m

EMDB-24282, PDB-7r6m:
Post-2S intermediate of the Tetrahymena group I intron, symmetry-expanded monomer from a synthetic dimeric construct
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.68 Å

24283

7r6n

EMDB-24283, PDB-7r6n:
Exon-free state of the Tetrahymena group I intron, symmetry-expanded monomer from a synthetic trimeric construct
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-24284: Azoarcus group I intron, symmetry-expanded monomer from a synthetic trimeric construct
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.9 Å

EMDB-24285: Fusobacterium nucleatum FMN riboswitch bound to FMN, synthetic trimeric construct
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.9 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • tetrahymena thermophila (真核生物)
  • Azoarcus olearius (バクテリア)
  • Fusobacterium nucleatum (バクテリア)
キーワードRNA (リボ核酸) / Ribozyme (リボザイム) / Group I intron / catalytic RNA (リボザイム)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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