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タイトルStabilization of Ribosomal RNA of the Small Subunit by Spermidine in .
ジャーナル・号・ページFront Mol Biosci, Vol. 8, Page 738752, Year 2021
掲載日2021年11月18日
著者Margarita Belinite / Iskander Khusainov / Heddy Soufari / Stefano Marzi / Pascale Romby / Marat Yusupov / Yaser Hashem /
PubMed 要旨Cryo-electron microscopy is now used as a method of choice in structural biology for studying protein synthesis, a process mediated by the ribosome machinery. In order to achieve high-resolution ...Cryo-electron microscopy is now used as a method of choice in structural biology for studying protein synthesis, a process mediated by the ribosome machinery. In order to achieve high-resolution structures using this approach, one needs to obtain homogeneous and stable samples, which requires optimization of ribosome purification in a species-dependent manner. This is especially critical for the bacterial small ribosomal subunit that tends to be unstable in the absence of ligands. Here, we report a protocol for purification of stable 30 S from the Gram-positive bacterium and its cryo-EM structures: in presence of spermidine at a resolution ranging between 3.4 and 3.6 Å and in its absence at 5.3 Å. Using biochemical characterization and cryo-EM, we demonstrate the importance of spermidine for stabilization of the 30 S preserving favorable conformation of the helix 44.
リンクFront Mol Biosci / PubMed:34869582 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.2 - 13.76 Å
構造データ

EMDB-12090:
Staphylococcus aureus 30S ribosomal subunit in absence of spermidine with fixed helix 44
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.9 Å

EMDB-12091:
Staphylococcus aureus 30S ribosomal subunit in absence of spermidine with reoriented helix 44
手法: EM (単粒子) / 解像度: 13.76 Å

12178

7bgd

EMDB-12178, PDB-7bgd:
Staphylococcus aureus 30S ribosomal subunit in presence of spermidine (body only)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

12179

7bge

EMDB-12179, PDB-7bge:
Staphylococcus aureus 30S ribosomal subunit in presence of spermidine (head only)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

23052

7kwg

EMDB-23052, PDB-7kwg:
Staphylococcus aureus 30S ribosomal subunit in presence of spermidine
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.75 Å

由来
  • staphylococcus aureus subsp. aureus nctc 8325 (黄色ブドウ球菌)
  • staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
  • staphylococcus aureus (strain nctc 8325) (黄色ブドウ球菌)
  • staphylococcus aureus (strain nctc 8325 / ps 47) (黄色ブドウ球菌)
キーワードRIBOSOME / Pathogen / small ribosomal subunit / spermidine

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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