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Structure paper

タイトルStructural basis of Cullin 2 RING E3 ligase regulation by the COP9 signalosome.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 10, Issue 1, Page 3814, Year 2019
掲載日2019年8月23日
著者Sarah V Faull / Andy M C Lau / Chloe Martens / Zainab Ahdash / Kjetil Hansen / Hugo Yebenes / Carla Schmidt / Fabienne Beuron / Nora B Cronin / Edward P Morris / Argyris Politis /
PubMed 要旨Cullin-Ring E3 Ligases (CRLs) regulate a multitude of cellular pathways through specific substrate receptors. The COP9 signalosome (CSN) deactivates CRLs by removing NEDD8 from activated Cullins. ...Cullin-Ring E3 Ligases (CRLs) regulate a multitude of cellular pathways through specific substrate receptors. The COP9 signalosome (CSN) deactivates CRLs by removing NEDD8 from activated Cullins. Here we present structures of the neddylated and deneddylated CSN-CRL2 complexes by combining single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) with chemical cross-linking mass spectrometry (XL-MS). These structures suggest a conserved mechanism of CSN activation, consisting of conformational clamping of the CRL2 substrate by CSN2/CSN4, release of the catalytic CSN5/CSN6 heterodimer and finally activation of the CSN5 deneddylation machinery. Using hydrogen-deuterium exchange (HDX)-MS we show that CRL2 activates CSN5/CSN6 in a neddylation-independent manner. The presence of NEDD8 is required to activate the CSN5 active site. Overall, by synergising cryo-EM with MS, we identify sensory regions of the CSN that mediate its stepwise activation and provide a framework for understanding the regulatory mechanism of other Cullin family members.
リンクNat Commun / PubMed:31444342 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度5.9 - 8.8 Å
構造データ

4736

6r6h

EMDB-4736, PDB-6r6h:
Structural basis of Cullin-2 RING E3 ligase regulation by the COP9 signalosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.4 Å

4739

6r7f

EMDB-4739, PDB-6r7f:
Structural basis of Cullin-2 RING E3 ligase regulation by the COP9 signalosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.2 Å

4741

6r7h

EMDB-4741, PDB-6r7h:
Structural basis of Cullin-2 RING E3 ligase regulation by the COP9 signalosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.8 Å

4742

6r7i

EMDB-4742, PDB-6r7i:
Structural basis of Cullin-2 RING E3 ligase regulation by the COP9 signalosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.9 Å

4744

6r7n

EMDB-4744, PDB-6r7n:
Structural basis of Cullin-2 RING E3 ligase regulation by the COP9 signalosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.5 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードLIGASE / Cullin-Ring E3 Ligase COP9 Signalosome Neddylation / Cullin-Ring E3 Ligases (CRLs) COP9 signalosome (CSN) deneddylation / Cullin-Ring E3 Ligases (CRLs) COP9 signalosome (CSN) deneddylation VHL tumour suppressor substrate receptor

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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