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タイトルAtomic structures of TDP-43 LCD segments and insights into reversible or pathogenic aggregation.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 25, Issue 6, Page 463-471, Year 2018
掲載日2018年5月21日
著者Elizabeth L Guenther / Qin Cao / Hamilton Trinh / Jiahui Lu / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / David R Boyer / Jose A Rodriguez / Michael P Hughes / David S Eisenberg /
PubMed 要旨The normally soluble TAR DNA-binding protein 43 (TDP-43) is found aggregated both in reversible stress granules and in irreversible pathogenic amyloid. In TDP-43, the low-complexity domain (LCD) is ...The normally soluble TAR DNA-binding protein 43 (TDP-43) is found aggregated both in reversible stress granules and in irreversible pathogenic amyloid. In TDP-43, the low-complexity domain (LCD) is believed to be involved in both types of aggregation. To uncover the structural origins of these two modes of β-sheet-rich aggregation, we have determined ten structures of segments of the LCD of human TDP-43. Six of these segments form steric zippers characteristic of the spines of pathogenic amyloid fibrils; four others form LARKS, the labile amyloid-like interactions characteristic of protein hydrogels and proteins found in membraneless organelles, including stress granules. Supporting a hypothetical pathway from reversible to irreversible amyloid aggregation, we found that familial ALS variants of TDP-43 convert LARKS to irreversible aggregates. Our structures suggest how TDP-43 adopts both reversible and irreversible β-sheet aggregates and the role of mutation in the possible transition of reversible to irreversible pathogenic aggregation.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:29786080 / PubMed Central
手法EM (電子線結晶学) / X線回折
解像度0.75 - 1.8 Å
構造データ

EMDB-7466, PDB-6cf4:
Segment NFGTFS, with familial mutation A315T and phosphorylated threonine, from the low complexity domain of TDP-43, residues 312-317
手法: EM (電子線結晶学)

EMDB-7467: SWGMMGMLASQ segment from the low complexity domain of TDP-43, residues 333-343
PDB-6cfh: SWGMMGMLASQ segment from the low complexity domain of TDP-43
手法: EM (電子線結晶学)

EMDB-8857, PDB-5wkb:
MicroED structure of the segment, NFGEFS, from the A315E familial variant of the low complexity domain of TDP-43, residues 312-317
手法: EM (電子線結晶学) / 解像度: 1.0 Å

PDB-5whn:
Crystal structure of the segment, NFGAFS, from the low complexity domain of TDP-43, residues 312-317
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.1 Å

PDB-5whp:
Crystal structure of the segment, NFGTFS, from the A315T familial variant of the low complexity domain of TDP-43, residues 312-317
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.0 Å

PDB-5wia:
Crystal structure of the segment, GNNSYS, from the low complexity domain of TDP-43, residues 370-375
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.002 Å

PDB-5wiq:
Crystal structure of the segment, GFNGGFG, from the low complexity domain of TDP-43, residues 396-402
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.25 Å

PDB-5wkd:
Crystal structure of the segment, GNNQGSN, from the low complexity domain of TDP-43, residues 300-306
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-6cb9:
Segment AALQSS from the low complexity domain of TDP-43, residues 328-333
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.1 Å

PDB-6cew:
Segment AMMAAA from the low complexity domain of TDP-43, residues 321-326
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.2 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードPROTEIN FIBRIL / Amyloid / LARKS / TDP-43 / low complexity domain / Steric-zipper / Reversible aggregation / steric zipper

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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