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タイトルConformational Landscape of the p28-Bound Human Proteasome Regulatory Particle.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 67, Issue 2, Page 322-333.e6, Year 2017
掲載日2017年7月20日
著者Ying Lu / Jiayi Wu / Yuanchen Dong / Shuobing Chen / Shuangwu Sun / Yong-Bei Ma / Qi Ouyang / Daniel Finley / Marc W Kirschner / Youdong Mao /
PubMed 要旨The proteasome holoenzyme is activated by its regulatory particle (RP) consisting of two subcomplexes, the lid and the base. A key event in base assembly is the formation of a heterohexameric ring of ...The proteasome holoenzyme is activated by its regulatory particle (RP) consisting of two subcomplexes, the lid and the base. A key event in base assembly is the formation of a heterohexameric ring of AAA-ATPases, which is guided by at least four RP assembly chaperones in mammals: PAAF1, p28/gankyrin, p27/PSMD9, and S5b. Using cryogenic electron microscopy, we analyzed the non-AAA structure of the p28-bound human RP at 4.5 Å resolution and determined seven distinct conformations of the Rpn1-p28-AAA subcomplex within the p28-bound RP at subnanometer resolutions. Remarkably, the p28-bound AAA ring does not form a channel in the free RP and spontaneously samples multiple "open" and "closed" topologies at the Rpt2-Rpt6 and Rpt3-Rpt4 interfaces. Our analysis suggests that p28 assists the proteolytic core particle to select a specific conformation of the ATPase ring for RP engagement and is released in a shoehorn-like fashion in the last step of the chaperone-mediated proteasome assembly.
リンクMol Cell / PubMed:28689658 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.5 - 8.9 Å
構造データ

EMDB-8672, PDB-5vgz:
Conformational Landscape of the p28-Bound Human Proteasome Regulatory Particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-8674, PDB-5vhf:
Conformational Landscape of the p28-Bound Human Proteasome Regulatory Particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.7 Å

EMDB-8675, PDB-5vhh:
Conformational Landscape of the p28-Bound Human Proteasome Regulatory Particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.1 Å

EMDB-8676, PDB-5vhi:
Conformational Landscape of the p28-Bound Human Proteasome Regulatory Particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.8 Å

EMDB-8677, PDB-5vhj:
Conformational Landscape of the p28-Bound Human Proteasome Regulatory Particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.5 Å

EMDB-8678, PDB-5vhm:
Conformational Landscape of the p28-Bound Human Proteasome Regulatory Particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.3 Å

EMDB-8679, PDB-5vhn:
Conformational Landscape of the p28-Bound Human Proteasome Regulatory Particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.3 Å

EMDB-8680, PDB-5vho:
Conformational Landscape of the p28-Bound Human Proteasome Regulatory Particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.3 Å

EMDB-8681, PDB-5vhp:
Conformational Landscape of the p28-Bound Human Proteasome Regulatory Particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.9 Å

EMDB-8682, PDB-5vhq:
Conformational Landscape of the p28-Bound Human Proteasome Regulatory Particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.9 Å

EMDB-8683, PDB-5vhr:
Conformational Landscape of the p28-Bound Human Proteasome Regulatory Particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.7 Å

EMDB-8684, PDB-5vhs:
Conformational Landscape of the p28-Bound Human Proteasome Regulatory Particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.8 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / p28 / 26S proteasome (プロテアソーム) / regulatory particle / 19S / gankyrin (ガンキリン)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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