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Structure paper

タイトルCD44 PanDDA analysis group deposition
ジャーナル・号・ページTo Be Published
掲載日2021年9月14日 (構造データの登録日)
著者Bradshaw, W.J. / Katis, V.L. / Bezerra, G.A. / Koekemoer, L. / von Delft, F. / Bountra, C. / Brennan, P.E. / Gileadi, O.
リンクPubMedで検索
手法X線回折
解像度0.988 - 1.327 Å
構造データ

PDB-5sbk:
CD44 PanDDA analysis group deposition -- The hyaluronan-binding domain of CD44 in complex with Z1258992717
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.23 Å

PDB-5sbl:
CD44 PanDDA analysis group deposition -- The hyaluronan-binding domain of CD44 in complex with Z126932614
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.198 Å

PDB-5sbm:
CD44 PanDDA analysis group deposition -- The hyaluronan-binding domain of CD44 in complex with Z1267885772
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.14 Å

PDB-5sbn:
CD44 PanDDA analysis group deposition -- The hyaluronan-binding domain of CD44 in complex with Z57040482
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.181 Å

PDB-5sbo:
CD44 PanDDA analysis group deposition -- The hyaluronan-binding domain of CD44 in complex with Z2856434878
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.274 Å

PDB-5sbp:
CD44 PanDDA analysis group deposition -- The hyaluronan-binding domain of CD44 in complex with Z1229798311
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.275 Å

PDB-5sbq:
CD44 PanDDA analysis group deposition -- The hyaluronan-binding domain of CD44 in complex with Z44592329
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 0.988 Å

PDB-5sbr:
CD44 PanDDA analysis group deposition -- The hyaluronan-binding domain of CD44 in complex with Z1259341012
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.286 Å

PDB-5sbs:
CD44 PanDDA analysis group deposition -- The hyaluronan-binding domain of CD44 in complex with Z340495298
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.024 Å

PDB-5sbt:
CD44 PanDDA analysis group deposition -- The hyaluronan-binding domain of CD44 in complex with Z445856640
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.16 Å

PDB-5sbu:
CD44 PanDDA analysis group deposition -- The hyaluronan-binding domain of CD44 in complex with Z839988838
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.044 Å

PDB-5sbv:
CD44 PanDDA analysis group deposition -- The hyaluronan-binding domain of CD44 in complex with Z31721798
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.109 Å

PDB-5sbw:
CD44 PanDDA analysis group deposition -- The hyaluronan-binding domain of CD44 in complex with Z2856434874
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.148 Å

PDB-5sbx:
CD44 PanDDA analysis group deposition -- The hyaluronan-binding domain of CD44 in complex with Z53825479
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.051 Å

PDB-5sby:
CD44 PanDDA analysis group deposition -- The hyaluronan-binding domain of CD44 in complex with Z1878656559
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.217 Å

PDB-5sbz:
CD44 PanDDA analysis group deposition -- The hyaluronan-binding domain of CD44 in complex with Z768399682
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.17 Å

PDB-5sc0:
CD44 PanDDA analysis group deposition -- The hyaluronan-binding domain of CD44 in complex with Z2856434899
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.192 Å

PDB-5sc1:
CD44 PanDDA analysis group deposition -- The hyaluronan-binding domain of CD44 in complex with Z431807512
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.165 Å

PDB-5sc2:
CD44 PanDDA analysis group deposition -- The hyaluronan-binding domain of CD44 in complex with Z190780124
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.208 Å

PDB-5sc3:
CD44 PanDDA analysis group deposition -- The hyaluronan-binding domain of CD44 in complex with Z422471910
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.24 Å

PDB-5sc4:
CD44 PanDDA analysis group deposition -- The hyaluronan-binding domain of CD44 in complex with Z927412236
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.165 Å

PDB-5sc5:
CD44 PanDDA analysis group deposition -- The hyaluronan-binding domain of CD44 in complex with Z56827661
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.171 Å

PDB-5sc6:
CD44 PanDDA analysis group deposition -- The hyaluronan-binding domain of CD44 in complex with POB0019
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.327 Å

PDB-5sc7:
CD44 PanDDA analysis group deposition -- The hyaluronan-binding domain of CD44 in complex with POB0120
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.197 Å

化合物

ChemComp-89W:
N-[(3R)-piperidin-3-yl]benzamide

ChemComp-DMS:
DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / DMSO, 沈殿剤*YM / ジメチルスルホキシド

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-T6J:
2-[(methylsulfonyl)methyl]-1H-benzimidazole / 2-(メチルスルホニルメチル)-1H-ベンゾイミダゾ-ル

ChemComp-8AB:
(3S)-3-methyl-1-(6-methylpyridin-2-yl)piperazine

ChemComp-9KS:
N-(2-hydroxyphenyl)acetamide / N-(2-ヒドロキシフェニル)アセトアミド

ChemComp-8A5:
4-[(3,4-dimethoxyphenyl)methyl]morpholine

ChemComp-8BC:
2-acetamido-6-fluorobenzoic acid

ChemComp-K0G:
N-phenyl-N'-pyridin-3-ylurea / 1-(3-ピリジル)-3-フェニル尿素

ChemComp-PGE:
TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール

ChemComp-8B2:
(1R)-1-[4-(morpholin-4-yl)phenyl]ethan-1-amine

ChemComp-8AK:
N-cyclopropyl-5-methyl-N-(propan-2-yl)-1,2-oxazole-3-carboxamide

ChemComp-VZP:
N-[(3R)-1,1-dioxo-1lambda~6~-thiolan-3-yl]-N-methyl-N'-propan-2-ylurea

ChemComp-8C2:
N-[(3,5-dimethyl-1H-pyrazol-4-yl)methyl]cyclohexanamine

ChemComp-NW4:
3-cyclohexyl-1-(morpholin-4-yl)propan-1-one

ChemComp-O0M:
1-{[4-(propan-2-yl)phenyl]methyl}piperidin-4-ol

ChemComp-8BT:
N-cyclopentylmethanesulfonamide

ChemComp-PEG:
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール

ChemComp-8BI:
(1R,2R)-2,4,4-trimethyl-N-[(1H-pyrazol-3-yl)methyl]cyclopentan-1-amine

ChemComp-K0D:
[(2R,5S)-2,5-dimethylmorpholin-4-yl](1,2,5-thiadiazol-3-yl)methanone

ChemComp-T0Y:
1-[(thiophen-3-yl)methyl]piperidin-4-ol

ChemComp-8DH:
N-methyl-3-oxo-N-(propan-2-yl)piperazine-1-sulfonamide

ChemComp-8D8:
(3S)-N-[(1R)-1-cyclopropylethyl]-2-oxo-2,3-dihydropyridine-3-carboxamide

ChemComp-8CZ:
N-[(1S)-1-cyclopropylethyl]-N,4-dimethyl-1,3-thiazole-5-carboxamide

ChemComp-8CN:
(2R)-2-amino-1-[(2S)-2-methylpiperidin-1-yl]propan-1-one

ChemComp-VZY:
N-(3-methylbenzene-1-carbonyl)glycine / m-メチル馬尿酸 / Methylhippuric acid

ChemComp-8CH:
methyl (2S,3R)-1-(methanesulfonyl)-3-methylpiperidine-2-carboxylate

ChemComp-W2M:
(2R)-1',4'-dihydro-2'H-spiro[pyrrolidine-2,3'-quinolin]-2'-one

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer / antigen (抗原)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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