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タイトルXChem group deposition
ジャーナル・号・ページTo Be Published
掲載日2020年2月29日 (構造データの登録日)
著者Krojer, T. / Talon, R. / Fairhead, M. / Szykowska, A. / Burgess-Brown, N.A. / Brennan, P.E. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / von Delft, F.
リンクPubMedで検索
手法X線回折
解像度1.18 - 1.83 Å
構造データ

PDB-5r68:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human YEATS4 in complex with FM000199e
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.64 Å

PDB-5r69:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human YEATS4 in complex with XS038644e
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.83 Å

PDB-5s75:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with FM010913a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.3 Å

PDB-5s76:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with FM010916a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.31 Å

PDB-5s77:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with XS035133b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.31 Å

PDB-5s78:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with FM010934a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.3 Å

PDB-5s79:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with FM010910a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-5s7a:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with PK012456b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.3 Å

PDB-5s7b:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with FM000329d
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.32 Å

PDB-5s7c:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with FM000274c
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.31 Å

PDB-5s7d:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with FM010923a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.31 Å

PDB-5s7e:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with FM010930a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.32 Å

PDB-5s7f:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with FM010935a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.31 Å

PDB-5s7g:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with XS035844b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.78 Å

PDB-5s7h:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with FM010914a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.3 Å

PDB-5s7i:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with FM010928a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.3 Å

PDB-5s7j:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with FM000893d
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.31 Å

PDB-5s7k:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with FM010936a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.31 Å

PDB-5s7l:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with FM010943a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.36 Å

PDB-5s7m:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with FM000275d
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.32 Å

PDB-5s7n:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with FM010920a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.3 Å

PDB-5s7o:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with FM007391c
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.43 Å

PDB-5s7p:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with FM010937a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.31 Å

PDB-5s7q:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with FM010944a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.53 Å

PDB-5s7r:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with FM010918a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.46 Å

PDB-5s7s:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with FM010921a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.3 Å

PDB-5s7t:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with FM010926a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.3 Å

PDB-5s7u:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with FM010938a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.59 Å

PDB-5s7v:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with FM010942a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.31 Å

PDB-5s7w:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with HM000007h
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.33 Å

PDB-5s7x:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with FM000376d
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.3 Å

PDB-5s7y:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with FM010933a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.37 Å

PDB-5s7z:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with NU074488b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.3 Å

PDB-5s80:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with FM010946a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.67 Å

PDB-5s81:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with FM010947a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.43 Å

PDB-5s82:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with XS035128c
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.71 Å

PDB-5s83:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with FM010948a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.33 Å

PDB-5s84:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with FM010949a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.35 Å

PDB-5s85:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with FM000884c
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.33 Å

PDB-5s86:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with FM010952a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.31 Å

PDB-5s87:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with FM010953a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.3 Å

PDB-5s88:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with FM010954a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.31 Å

PDB-5s89:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with FM010957a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.3 Å

PDB-5s8a:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with NU074484b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.3 Å

PDB-5s8b:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with FM010960a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.64 Å

PDB-5s8c:
XChem group deposition -- Crystal Structure of the second bromodomain of pleckstrin homology domain interacting protein (PHIP) in complex with N00322e (space group C2)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.25 Å

PDB-5s8d:
XChem group deposition -- Crystal Structure of the second bromodomain of pleckstrin homology domain interacting protein (PHIP) in complex with N00539e (space group C2)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.26 Å

PDB-5s8e:
XChem group deposition -- Crystal Structure of the second bromodomain of pleckstrin homology domain interacting protein (PHIP) in complex with N00531b (space group C2)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.24 Å

PDB-5s8f:
XChem group deposition -- Crystal Structure of the second bromodomain of pleckstrin homology domain interacting protein (PHIP) in complex with N00572d (space group C2)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.18 Å

PDB-5s8g:
XChem group deposition -- Crystal Structure of the second bromodomain of pleckstrin homology domain interacting protein (PHIP) in complex with N00804d (space group C2)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.19 Å

PDB-5s8h:
XChem group deposition -- Crystal Structure of the second bromodomain of pleckstrin homology domain interacting protein (PHIP) in complex with N00964e (space group C2)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.29 Å

PDB-5s8i:
XChem group deposition -- Crystal Structure of the second bromodomain of pleckstrin homology domain interacting protein (PHIP) in complex with N01186d (space group C2)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.3 Å

PDB-5s8j:
XChem group deposition -- Crystal Structure of the second bromodomain of pleckstrin homology domain interacting protein (PHIP) in complex with N01207d (space group C2)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.21 Å

PDB-5s8k:
XChem group deposition -- Crystal Structure of the second bromodomain of pleckstrin homology domain interacting protein (PHIP) in complex with N01225c (space group C2)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.24 Å

PDB-5s8l:
XChem group deposition -- Crystal Structure of the second bromodomain of pleckstrin homology domain interacting protein (PHIP) in complex with E11289c (space group C2)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.23 Å

PDB-5s8m:
XChem group deposition -- Crystal Structure of the second bromodomain of pleckstrin homology domain interacting protein (PHIP) in complex with N11511a (space group C2)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.2 Å

PDB-5s8n:
XChem group deposition -- Crystal Structure of the second bromodomain of pleckstrin homology domain interacting protein (PHIP) in complex with E07179c (space group C2)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.23 Å

PDB-5s8o:
XChem group deposition -- Crystal Structure of the second bromodomain of pleckstrin homology domain interacting protein (PHIP) in complex with N01460c (space group P212121)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.67 Å

PDB-5s8p:
XChem group deposition -- Crystal Structure of the second bromodomain of pleckstrin homology domain interacting protein (PHIP) in complex with E07179c (space group P212121)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.41 Å

PDB-5s8q:
XChem group deposition -- Crystal Structure of the second bromodomain of pleckstrin homology domain interacting protein (PHIP) in complex with FMO3D000185a (space group P212121)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-5s9k:
XChem group deposition -- Crystal Structure of human ACVR1 in complex with FM010955a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.35 Å

化合物

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL

ChemComp-RYD:
(1-methylbenzotriazol-5-yl)methanol

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-ZHA:
~{N}-(5-oxidanylidene-7,8-dihydro-6~{H}-naphthalen-2-yl)ethanamide

ChemComp-LU8:
4-methyl-3-[4-(1-methylpiperidin-4-yl)phenyl]-5-(3,4,5-trimethoxyphenyl)pyridine

ChemComp-DMS:
DIMETHYL SULFOXIDE / DMSO, 沈殿剤*YM

ChemComp-SRT:
S,R MESO-TARTARIC ACID

ChemComp-HUH:
1~{H}-1,2,3-triazole

ChemComp-SO4:
SULFATE ION

ChemComp-TLA:
L(+)-TARTARIC ACID

ChemComp-02A:
(2S)-azetidine-2-carboxylic acid

ChemComp-BAQ:
pyrrolidin-2-one

ChemComp-XGV:
pyridazin-3-amine

ChemComp-PZO:
PYRAZOLE

ChemComp-T5V:
pyrimidin-5-amine

ChemComp-XH7:
(3R)-thiolane-3-carboxylic acid

ChemComp-TAR:
D(-)-TARTARIC ACID

ChemComp-T5Y:
pyridin-2-ol

ChemComp-XHD:
2-cyanoacetamide

ChemComp-XEA:
(3R)-1,2-oxazolidine-3-carbonitrile

ChemComp-XH4:
[(3R)-pyrazolidin-3-yl]methanol

ChemComp-PPI:
PROPANOIC ACID

ChemComp-HVB:
1-azanylpropylideneazanium

ChemComp-HV2:
1,1-bis(oxidanylidene)thietan-3-ol

ChemComp-XHG:
1-[(2R)-oxolan-2-yl]methanamine

ChemComp-XEJ:
(3R)-3-aminobutanamide

ChemComp-XHJ:
(3S)-pyrazolidin-3-amine

ChemComp-HVK:
pyridin-2-amine

ChemComp-2AI:
1H-imidazol-2-amine

ChemComp-XJJ:
piperazin-2-one

ChemComp-V1L:
piperidin-2-one

ChemComp-XJM:
5-methyl-1H-tetrazole

ChemComp-XGS:
1lambda~6~,2-thiazetidine-1,1-dione

ChemComp-09V:
cyclopropylmethanol

ChemComp-XGJ:
(3S)-1,2,4-triazolidin-3-amine

ChemComp-XGY:
(4S)-1-methylimidazolidin-4-amine

ChemComp-XH1:
N-propan-2-ylurea

ChemComp-GLY:
GLYCINE

ChemComp-LGA:
PYRIMIDIN-2-AMINE

ChemComp-XJP:
(2S,4R)-1,3-thiazolidine-2,4-diamine

ChemComp-BYZ:
4-bromo-1H-pyrazole

ChemComp-XGM:
N-hydroxypropanamide

ChemComp-XJV:
imidazolidin-2-one

ChemComp-LAC:
LACTIC ACID

ChemComp-XJY:
cyclobutylboronic acid

ChemComp-XK1:
1-[(4R)-1,3-oxazolidin-4-yl]methanamine

ChemComp-XK4:
(3R)-1,2-oxazolidin-3-amine

ChemComp-XK7:
1-aminocyclopropane-1-carboxamide

ChemComp-XKD:
N-methyl-D-alaninamide

ChemComp-XKS:
azetidin-3-ol

ChemComp-XKV:
(2R)-2-aminobutanamide

ChemComp-XKY:
(4S)-imidazolidine-4-carbonitrile

ChemComp-XFV:
1lambda~6~-thietane-1,1-dione

ChemComp-N1E:
methyl quinoline-6-carboxylate

ChemComp-5WY:
2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxamide

ChemComp-XLP:
1,3-benzothiazole-6-carboxylic acid

ChemComp-D4V:
3-methylpyridin-2-ol

ChemComp-2LY:
N-methyl-2,3-dihydrothieno[3,4-b][1,4]dioxine-5-carboxamide

ChemComp-54Y:
5-chloro-N,1-dimethyl-1H-pyrazole-4-carboxamide

ChemComp-XLV:
3,4-dimethyl-1,2-oxazol-5-amine

ChemComp-12Q:
1-METHYLQUINOLIN-2(1H)-ONE

ChemComp-1BN:
1-BENZYL-1H-IMIDAZOLE

ChemComp-3PF:
3-methyl-3,4-dihydroquinazolin-2(1H)-one

ChemComp-XM4:
N-(4-chloro-2-methylphenyl)acetamide

ChemComp-CA:
Unknown entry

ChemComp-XLY:
(3R)-3-methyl-1,2,3,4-tetrahydro-5H-1,4-benzodiazepin-5-one

ChemComp-YV4:
(3S)-3-aminopyrrolidin-2-one

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSCRIPTION / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer / HISTONE READER / YEATS DOMAIN / TRANSFERASE / SIGNALING PROTEIN / bromodomain / PHIP

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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