[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルA focused fragment library targeting the antibiotic resistance enzyme - Oxacillinase-48: Synthesis, structural evaluation and inhibitor design.
ジャーナル・号・ページEur J Med Chem, Vol. 145, Page 634-648, Year 2018
掲載日2017年7月11日 (構造データの登録日)
著者Akhter, S. / Lund, B.A. / Ismael, A. / Langer, M. / Isaksson, J. / Christopeit, T. / Leiros, H.S. / Bayer, A.
リンクEur J Med Chem / PubMed:29348071
手法X線回折
解像度1.7 - 2.5 Å
構造データ

PDB-5qa4:
OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 3a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-5qa5:
OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 3b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-5qa6:
OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 4a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-5qa7:
OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 4b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.82 Å

PDB-5qa8:
OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 4c
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-5qa9:
OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 5
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-5qaa:
OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 6a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-5qab:
OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 6b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.15 Å

PDB-5qac:
OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 6c
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2 Å

PDB-5qad:
OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 8a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-5qae:
OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 8b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-5qaf:
OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 8c
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.15 Å

PDB-5qag:
OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 9a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-5qah:
OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 9b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-5qai:
OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 12a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-5qaj:
OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 13
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2 Å

PDB-5qak:
OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 14
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-5qal:
OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 11b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-5qam:
OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 17
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.87 Å

PDB-5qan:
OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 19a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-5qao:
OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 19b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2 Å

PDB-5qap:
OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 21a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-5qaq:
OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 21b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

PDB-5qar:
OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 23a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-5qas:
OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 23b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-5qat:
OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 24
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-5qau:
OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 26a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-5qav:
OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 26b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.72 Å

PDB-5qaw:
OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 27
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-5qax:
OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 28
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.31 Å

PDB-5qay:
OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 32
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-5qaz:
OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 34
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-5qb0:
OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 35
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-5qb1:
OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 36
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-5qb2:
OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 38
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-5qb3:
OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 40
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2 Å

PDB-5qb4:
OXA-48 IN COMPLEX WITH SUBSTRATE IMIPENEM
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

化合物

ChemComp-TI7:
3-(2-methylphenyl)benzoic acid / 2′-メチルビフェニル-3-カルボン酸

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-L5D:
3-(3-methylphenyl)benzoic acid

ChemComp-AUV:
3-(2-hydroxyphenyl)benzoic acid / 2′-ヒドロキシ-1,1′-ビフェニル-3-カルボン酸

ChemComp-IQQ:
3-(3-hydroxyphenyl)benzoic acid / 3′-ヒドロキシ-1,1′-ビフェニル-3-カルボン酸

ChemComp-JSX:
3-(4-hydroxyphenyl)benzoic acid / 4′-ヒドロキシビフェニル-3-カルボン酸

ChemComp-QKU:
3-[3-(hydroxymethyl)phenyl]benzoic acid

ChemComp-EAJ:
3-(2-methoxyphenyl)benzoic acid / 2′-メトキシビフェニル-3-カルボン酸

ChemComp-XEV:
3-(3-methoxyphenyl)benzoic acid

ChemComp-U4J:
3-(4-methoxyphenyl)benzoic acid / 4′-メトキシビフェニル-3-カルボン酸

ChemComp-WVV:
3-(2-fluorophenyl)benzoic acid

ChemComp-Q4G:
3-(3-fluorophenyl)benzoic acid

ChemComp-S1D:
3-(4-fluorophenyl)benzoic acid / 4′-フルオロビフェニル-3-カルボン酸

ChemComp-Q2R:
3-(2-methoxycarbonylphenyl)benzoic acid

ChemComp-EFX:
3-(3-methoxycarbonylphenyl)benzoic acid

ChemComp-VM7:
3-(3-methylsulfonylphenyl)benzoic acid

ChemComp-DMS:
DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / DMSO, 沈殿剤*YM

ChemComp-VBC:
3-(4-aminophenyl)benzoic acid / 4′-アミノビフェニル-3-カルボン酸

ChemComp-AV4:
3-[3-(dimethylamino)phenyl]benzoic acid

ChemComp-TVZ:
3-(4-aminocarbonylphenyl)benzoic acid

ChemComp-GA6:
3-[4-(methylsulfonylamino)phenyl]benzoic acid

ChemComp-M8Q:
3-[3-(methylsulfonylaminomethyl)phenyl]benzoic acid

ChemComp-Z8R:
3-[4-(methylsulfonylaminomethyl)phenyl]benzoic acid

ChemComp-AV7:
3-(3-acetamidophenyl)benzoic acid

ChemComp-S1C:
3-(4-acetamidophenyl)benzoic acid

ChemComp-QIU:
3-[3-(2-acetamidoethyl)phenyl]benzoic acid

ChemComp-CVF:
3-[4-(2-acetamidoethyl)phenyl]benzoic acid

ChemComp-T7O:
3-[3-(acetyloxymethyl)phenyl]benzoic acid

ChemComp-V7V:
3-[3-(1~{H}-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)phenyl]benzoic acid

ChemComp-L43:
3-[4-(1~{H}-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)phenyl]benzoic acid

ChemComp-TVC:
3-naphthalen-2-ylbenzoic acid

ChemComp-Q92:
3-quinolin-6-ylbenzoic acid

ChemComp-X6P:
3-(1-methylpyrrol-2-yl)benzoic acid

ChemComp-Q2S:
3-(1~{H}-indol-5-yl)benzoic acid

ChemComp-AVA:
3-pyridin-2-ylbenzoic acid / 3-(2-ピリジル)安息香酸

ChemComp-F1C:
3,5-bis(3-acetamidophenyl)benzoic acid

ChemComp-U3M:
3-quinolin-6-yl-5-quinolin-7-yl-benzoic acid

ChemComp-AVM:
3-(3-acetamidophenyl)-5-quinolin-7-yl-benzoic acid

ChemComp-IM2:
(5R)-5-[(1S,2R)-1-formyl-2-hydroxypropyl]-3-[(2-{[(E)-iminomethyl]amino}ethyl)sulfanyl]-4,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carbox / 抗生剤*YM

由来
  • klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
キーワードHYDROLASE / Oxacillinase / Inhibitor / Complex / OXA / Antibiotic resistance / beta-lactamase / fragment

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る