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キーワード
構造解析手法	All X線回折 NMR 電子顕微鏡小角散乱中性子線回折線維回折粉末回折赤外分光 EPR FRET 理論モデルハイブリッド
著者・登録者
ジャーナル
IF	>30 >20 >10 >5 all

タイトル	Blind prediction of charged ligand binding affinities in a model binding site.
ジャーナル・号・ページ	J. Mol. Biol., Vol. 425, Page 4569-4583, Year 2013
掲載日	2013年3月13日 (構造データの登録日)
著者	Rocklin, G.J. / Boyce, S.E. / Fischer, M. / Fish, I. / Mobley, D.L. / Shoichet, B.K. / Dill, K.A.
リンク	J. Mol. Biol. / PubMed:23896298
手法	X線回折
解像度	1.19 - 1.6 Å
構造データ	PDB-4jm5: Crystal structure of Cytochrome C Peroxidase W191G-Gateless in complex with 2-Amino-5-methylthiazole 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.26 Å PDB-4jm6: Crystal structure of Cytochrome C Peroxidase W191G-Gateless in complex with 2,4-diaminopyrimidine 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.45 Å PDB-4jm8: Crystal structure of Cytochrome C Peroxidase W191G-Gateless in complex with 2,6-diaminopyridine 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.3 Å PDB-4jm9: Crystal structure of Cytochrome C Peroxidase W191G-Gateless in complex with 3-amino-1-methylpyridinium 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.41 Å PDB-4jma: Crystal structure of Cytochrome C Peroxidase W191G-Gateless in complex with 3-Fluorocatechol 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å PDB-4jmw: Crystal structure of Cytochrome C Peroxidase W191G-Gateless in complex with Phenol 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.19 Å PDB-4jpl: Crystal structure of Cytochrome C Peroxidase W191G-Gateless in complex with 4-Azaindole 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.41 Å PDB-4jpt: Crystal structure of Cytochrome C Peroxidase W191G-Gateless in complex with quinazoline-2,4-diamine 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.41 Å PDB-4jpu: Crystal structure of Cytochrome C Peroxidase W191G-Gateless in complex with Benzamidine 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.41 Å PDB-4jqj: Crystal structure of Cytochrome C Peroxidase W191G-Gateless in complex with 4-Aminoquinoline 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å PDB-4jqk: Crystal structure of Cytochrome C Peroxidase W191G-Gateless in complex with 2-(2-aminopyridin-1-ium-1-yl)ethanol 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.36 Å PDB-4jqm: Crystal structure of Cytochrome C Peroxidase W191G-Gateless in complex with 4-Aminoquinazoline 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.41 Å PDB-4jqn: Crystal structure of Cytochrome C Peroxidase W191G-Gateless in complex with 4-Hydroxybenzaldehyde 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.36 Å
化合物	ChemComp-HEM: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Heme B ChemComp-25T: 2-AMINO-5-METHYLTHIAZOLE / 2-アミノ-5-メチルチアゾリウム ChemComp-MES: 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / pH緩衝剤YM / MES (緩衝剤) ChemComp-HOH: WATER / 水 ChemComp-LG3: PYRIMIDINE-2,4-DIAMINE / 2,4-ジアミノピリミジン / 2,4-Diaminopyrimidine ChemComp-PO4: PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩 ChemComp-26D: PYRIDINE-2,6-DIAMINE / 2,6-ジアミノピリジン ChemComp-LG5: 1-METHYL-1,6-DIHYDROPYRIDIN-3-AMINE ChemComp-IOD: IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物 ChemComp-3FA: 3-FLUOROBENZENE-1,2-DIOL / 3-フルオロカテコ-ル ChemComp-IPH: PHENOL / フェノ-ル / フェノール ChemComp-4JP: 1H-pyrrolo[3,2-b]pyridine / 1H-ピロロ[3,2-b]ピリジン ChemComp-Q24: quinazoline-2,4-diamine / キナゾリン-2,4-ジアミン ChemComp-BEN: BENZAMIDINE / ベンズアミジン / ベンザミジン ChemComp-1LM: quinolin-4-amine / 4-アミノキノリン / 4-アミノキノリン ChemComp-1LN: 2-(2-aminopyridin-1-ium-1-yl)ethanol ChemComp-1LQ: quinazolin-4-amine / キナゾリン-4-アミン ChemComp-HBA*: P-HYDROXYBENZALDEHYDE / 4-ヒドロキシベンズアルデヒド / 4-ヒドロキシベンズアルデヒド
由来	saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワード	OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Model system / bulk solvent / ordered waters / docking / ligand binding (リガンド) / free energy calculation (ギブズ自由エネルギー) / molecular dynamics (分子動力学法)