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タイトルStructure-activity characterization of sulfide:quinone oxidoreductase variants.
ジャーナル・号・ページJ. Struct. Biol., Vol. 178, Page 319-328, Year 2012
掲載日2011年7月14日 (構造データの登録日)
著者Cherney, M.M. / Zhang, Y. / James, M.N. / Weiner, J.H.
リンクJ. Struct. Biol. / PubMed:22542586
手法X線回折
解像度1.7955 - 2.5001 Å
構造データ

PDB-3sx6:
Crystal structure of sulfide:quinone oxidoreductase Cys356Ala variant from Acidithiobacillus ferrooxidans complexed with decylubiquinone
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7955 Å

PDB-3sxi:
Crystal structure of sulfide:quinone oxidoreductase Cys128Ala variant from Acidithiobacillus ferrooxidans complexed with decylubiquinone
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1792 Å

PDB-3sy4:
Crystal structure of sulfide:quinone oxidoreductase Ser126Ala variant from Acidithiobacillus ferrooxidans
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.91 Å

PDB-3syi:
Crystal structure of sulfide:quinone oxidoreductase Ser126Ala variant from Acidithiobacillus ferrooxidans using 7.0 keV diffraction data
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2001 Å

PDB-3sz0:
Crystal structure of sulfide:quinone oxidoreductase from Acidithiobacillus ferrooxidans in complex with sodium selenide
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1501 Å

PDB-3szc:
Crystal structure of sulfide:quinone oxidoreductase from Acidithiobacillus ferrooxidans in complex with gold (I) cyanide
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-3szf:
Crystal structure of sulfide:quinone oxidoreductase H198A variant from Acidithiobacillus ferrooxidans in complex with bound trisulfide and decylubiquinone
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0994 Å

PDB-3szw:
Crystal structure of sulfide:quinone oxidoreductase Cys128Ser variant from Acidithiobacillus ferrooxidans in complex with decylubiquinone
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-3t0k:
Crystal structure of sulfide:quinone oxidoreductase from Acidithiobacillus ferrooxidans with bound trisulfide and decylubiquinone
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2 Å

PDB-3t14:
Crystal structure of sulfide:quinone oxidoreductase Cys128Ala variant from Acidithiobacillus ferrooxidans with bound disulfide
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.21 Å

PDB-3t2k:
Crystal structure of sulfide:quinone oxidoreductase Cys128Ala variant from Acidithiobacillus ferrooxidans with bound trisulfane
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3501 Å

PDB-3t2y:
Crystal structure of sulfide:quinone oxidoreductase His132Ala variant from Acidithiobacillus ferrooxidans with bound disulfide
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5001 Å

化合物

ChemComp-FAD:
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / FAD*YM

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

ChemComp-DCQ:
2-decyl-5,6-dimethoxy-3-methylcyclohexa-2,5-diene-1,4-dione / デシルユビキノン

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-H2S:
HYDROSULFURIC ACID / 硫化水素

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-6SE:
triselane

ChemComp-SE:
SELENIUM ATOM / ヒドリドセレン

ChemComp-AU:
Unknown entry

ChemComp-S3H:
trisulfane / 三硫化水素

ChemComp-S2H:
Hydrogen disulfide / 二硫化水素

由来
  • acidithiobacillus ferrooxidans atcc 23270 (バクテリア)
  • acidithiobacillus ferrooxidans (バクテリア)
キーワードOXIDOREDUCTASE / sulfide:quinone oxidoreductase / Cys356Ala variant / integral monotopic membrane protein / complex with sulfide and decylubiquinone / Cys128Ala variant / complex with sulfide / Ser126Ala variant / complex with selenide / complex with gold (I) cyanide / His198Ala variant / complex with tetrasulfide and ubiquinone / Cys128Ser variant / complex with decylubiquinone / complex with tetrasulfur and decylubiquinone / complex with disulfide / complex with trisulfane / His132Ala variant

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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