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タイトルStructural insights into bacterial dimethylsulfoniopropionate import by BCCT-family transporters.
ジャーナル・号・ページEMBO J, Vol. 45, Issue 12, Page 4299-4320, Year 2026
掲載日2026年5月8日
著者Yu-Zhong Zhang / Wen-Jing Zhu / Kang Li / Hai-Tao Ding / Motoyuki Hattori / Shuaimeng Liu / Chang Ge / Qi-Long Qin / Zhao-Jie Teng / Ning-Hua Liu / Hai-Yan Cao / Chun-Yang Li / Xiu-Lan Chen / Qing-Tao Shen / Jonathan D Todd / Lu-Ning Liu / Peng Wang /
PubMed 要旨Dimethylsulfoniopropionate (DMSP) is a ubiquitous marine organosulfur compound central to microbial stress responses, chemotaxis, and nutrient cycling. Its catabolism produces dimethylsulfide (DMS), ...Dimethylsulfoniopropionate (DMSP) is a ubiquitous marine organosulfur compound central to microbial stress responses, chemotaxis, and nutrient cycling. Its catabolism produces dimethylsulfide (DMS), a climate-active gas, and plays a key role in the global sulfur cycle. However, the molecular basis of DMSP import, underpinning its microbial metabolism, remains poorly understood. Here, we identify and characterize the BCCT-family transporter DddT from Psychrobacter sp. D2, a marine gamma-proteobacterium that utilizes DMSP as a carbon source. DddT is essential for DMSP uptake and functions as a Na-coupled symporter driven by the transmembrane sodium gradient. Using cryo-electron microscopy, we determined DddT structures in multiple conformational states, revealing its Na-dependent transport mechanism involving two sodium ions, one coordinated by a previously uncharacterized binding site. Sequence analysis shows that DddT-like proteins with conserved sodium-binding features are widespread in marine bacteria, suggesting this Na-coupled transport mechanism represents a broadly conserved feature of the BCCT family. Our findings provide mechanistic insights into sodium-driven substrate uptake and marine sulfur cycling.
リンクEMBO J / PubMed:42104083 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.52 - 3.29 Å
構造データ

67623

21ff

EMDB-67623, PDB-21ff:
Cryo-EM structure of DddT in closed substrate-free conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

67625

21fh

EMDB-67625, PDB-21fh:
Cryo-EM structure of DddT G101D in substrate-free outward open conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.66 Å

67626

21fi

EMDB-67626, PDB-21fi:
Cryo-EM structure of DddT in closed DMSP-bound conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.52 Å

67627

21fj

EMDB-67627, PDB-21fj:
Cryo-EM structure of DddT in closed substrate-free conformation in the presence of potassium ions and dimethylsulfoniopropionate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.18 Å

67628

21fk

EMDB-67628, PDB-21fk:
Cryo-EM structure of DddT G101D in substrate-free inward open conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.29 Å

化合物

ChemComp-NA:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-DQY:
3-(dimethyl-lambda~4~-sulfanyl)propanoic acid

由来
  • psychrobacter sp. d2 (バクテリア)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Trimer / Psychrobacter sp. D2 / Dimethylsulfoniopropionate transporter / Closed substrate-free conformation / Substrate-free outward open conformation / Closed DMSP-bound conformation / Closed substrate-free conformation in the presence of potassium ions and dimethylsulfoniopropionate / Substrate-free inward open conformation

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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