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タイトルStructural Heterogeneity in Pre-40S Ribosomes.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 25, Issue 2, Page 329-340, Year 2017
掲載日2017年2月7日
著者Matthew C Johnson / Homa Ghalei / Katelyn A Doxtader / Katrin Karbstein / M Elizabeth Stroupe /
PubMed 要旨Late-stage 40S ribosome assembly is a highly regulated dynamic process that occurs in the cytoplasm, alongside the full translation machinery. Seven assembly factors (AFs) regulate and facilitate ...Late-stage 40S ribosome assembly is a highly regulated dynamic process that occurs in the cytoplasm, alongside the full translation machinery. Seven assembly factors (AFs) regulate and facilitate maturation, but the mechanisms through which they work remain undetermined. Here, we present a series of structures of the immature small subunit (pre-40S) determined by three-dimensional (3D) cryoelectron microscopy with 3D sorting to assess the molecule's heterogeneity. These structures demonstrate an extensive structural heterogeneity of interface AFs that likely regulates subunit joining during 40S maturation. We also present structural models for the beak and the platform, two regions where the low resolution of previous studies did not allow for localization of AFs and the rRNA, respectively. These models are supported by biochemical analyses using point variants and suggest that maturation of the 18S 3' end is regulated by dissociation of the AF Dim1 from the subunit interface, consistent with previous biochemical analyses.
リンクStructure / PubMed:28111018 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度9.4 - 10.4 Å
構造データ

EMDB-8346:
Cryo-EM Structure of Yeast Pre-40S
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.4 Å

EMDB-8347:
Cryo-EM Structure of Yeast Pre-40S, Dim1 Local Class
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.9 Å

EMDB-8348:
Cryo-EM Structure of Yeast Pre-40S, Tsr1 region local class "T1"
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.4 Å

EMDB-8349:
Cryo-EM Structure of Yeast Pre-40S, Tsr1 region local class "T2"
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.4 Å

EMDB-8350:
Cryo-EM Structure of Yeast Pre-40S, Rio2 Region Local Class "R1"
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.1 Å

EMDB-8351:
Cryo-EM Structure of Yeast Pre-40S, Rio2 Region Local Class "R2"
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.1 Å

EMDB-8352:
Cryo-EM Structure of Yeast Pre-40S, Ltv1-TAP Beak region
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.1 Å

EMDB-8353:
Cryo-EM Structure of Yeast Pre-40S, Platform Region Local Class "P1"
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.4 Å

由来
  • Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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