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Structure paper

タイトルConformational cycling of the Wntless transporter drives trafficking and secretion of Wnt morphogens.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 17, Issue 1, Year 2026
掲載日2026年6月19日
著者Yunhui Ge / Taciani de Almeida Magalhaes / Hongjiang Wu / Dick J H van den Boomen / Thu Uyen Nguyen / Tongyi Dou / Gaya P Yadav / Sukyeong Lee / Zhao Wang / Andrew Lemoff / Xuemei Luo / Sumitha S Menon / Min Zhang / Jin Wang / Zhicheng Jin / Jiansen Jiang / Adrian Salic / Pengxiang Huang /
PubMed 要旨Wnt proteins are lipid-modified morphogens fundamental in development and disease. During Wnt biogenesis, the G-protein-coupled receptor (GPCR)-like transporter Wntless (WLS) escorts lipidated Wnts ...Wnt proteins are lipid-modified morphogens fundamental in development and disease. During Wnt biogenesis, the G-protein-coupled receptor (GPCR)-like transporter Wntless (WLS) escorts lipidated Wnts from the endoplasmic reticulum to the plasma membrane, then transfers them to extracellular carriers, forming active and soluble morphogen-carrier complexes. To dissect the mechanisms involved, we solve cryo-EM structures of Wnt-bound WLS and unliganded WLS, and perform structure-guided functional experiments. Wnts engage WLS via three conserved hairpins, which are all required for Wnt trafficking to the cell surface and carrier-mediated secretion. Wnt release from cells is driven by dramatic conformational changes in the WLS transmembrane domain, reminiscent of GPCR activation, together with WLS extracellular rearrangements. Unexpectedly, we find that Wnt5a bound to WLS forms dimers, with implications for Wnt signaling. These findings define the mechanism of WLS conformational cycling that governs the intracellular transport and extracellular release of Wnt morphogens, essential steps in the Wnt pathway.
リンクNat Commun / PubMed:42321207 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.63 - 3.38 Å
構造データ

73803

9z4h

EMDB-73803, PDB-9z4h:
Cryo-EM structure of human Wntless in complex with Wnt5a at 1:1 stoichiometry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.64 Å

73810

9z4o

EMDB-73810, PDB-9z4o:
Cryo-EM structure of human Wntless in its apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.63 Å

EMDB-73835: Cryo-EM structure of human Wntless-Wnt5a 2:2 complex - Focused map A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.38 Å

EMDB-73836: Cryo-EM structure of human Wntless-Wnt5a 2:2 complex - Focused map B
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.25 Å

EMDB-73837: Cryo-EM structure of human Wntless-Wnt5a 2:2 complex - Consensus map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.32 Å

73838

9z67

EMDB-73838, PDB-9z67:
Cryo-EM structure of human Wntless-Wnt5a 2:2 complex - Composite map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.32 Å

化合物

ChemComp-PAM:
PALMITOLEIC ACID

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

ChemComp-PCW:
1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / DOPC, リン脂質*YM

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL

ChemComp-LPE:
1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Wnt transporter / Wnt5a / Wnt signaling / Wnt secretion

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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