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Structure paper

タイトルThe vault particle is enclosed by a 13-symmetric cap with a positively charged exterior.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 12, Issue 8, Page eadz6794, Year 2026
掲載日2026年2月20日
著者Huan Li / Francesca Vallese / Oliver B Clarke /
PubMed 要旨Vaults are some of the largest ribonucleoprotein complexes known and are highly conserved across eukaryotes, but both their function and key details of their architecture remain unclear. While high- ...Vaults are some of the largest ribonucleoprotein complexes known and are highly conserved across eukaryotes, but both their function and key details of their architecture remain unclear. While high-resolution structures of the vault shell are available, the architecture and symmetry of the cap have remained unresolved. Here, we present a 2.25-angstrom cryo-electron microscopy structure of the vault cap, revealing an unexpected 13-fold symmetric arrangement that contrasts with the 39-fold symmetry of the vault body, with each repeating module of the cap formed by an asymmetric homotrimer of adjacent subunits. The center of the cap features an unusual architecture, consisting of two concentric β barrels surrounded by an interwoven two-layer stack of α helices. The vault cap features a positively charged exterior and a negatively charged interior surface, with implications for binding partner recruitment and engineering of modified vault particles.
リンクSci Adv / PubMed:41706843 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.25 - 2.4 Å
構造データ

73814

9z4w

EMDB-73814, PDB-9z4w:
Cryo-EM structure of rabbit major vault protein complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

EMDB-73817: The structure of vault shell
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

73819

9z5n

EMDB-73819, PDB-9z5n:
Cryo-EM structure of rabbit vault cap
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.25 Å

由来
  • oryctolagus cuniculus (ウサギ)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / complex / MVP / vault cap / trafficking

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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