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Structure paper

タイトルStructural basis for mTORC1 regulation by the CASTOR1-GATOR2 complex.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 32, Issue 10, Page 1980-1988, Year 2025
掲載日2025年7月25日
著者Rachel M Jansen / Clément Maghe / Karla Tapia / Selina Wu / Serim Yang / Xuefeng Ren / Roberto Zoncu / James H Hurley /
PubMed 要旨Mechanistic target of rapamycin complex 1 (mTORC1) is a nutrient-responsive master regulator of metabolism. Amino acids control the recruitment and activation of mTORC1 at the lysosome through the ...Mechanistic target of rapamycin complex 1 (mTORC1) is a nutrient-responsive master regulator of metabolism. Amino acids control the recruitment and activation of mTORC1 at the lysosome through the nucleotide loading state of the heterodimeric Rag GTPases. Under low nutrients, including arginine, the GTPase-activating protein complex GATOR1 promotes GTP hydrolysis on RagA/B, inactivating mTORC1. GATOR1 is regulated by the cage-like GATOR2 complex and cytosolic amino acid sensors. To understand how the arginine sensor CASTOR1 binds to GATOR2 to disinhibit GATOR1 under low cytosolic arginine, we determined the cryo-electron microscopy structure of human GATOR2 bound to CASTOR1 in the absence of arginine. Two MIOS WD40 domain β-propellers of the GATOR2 cage engage with both subunits of a single CASTOR1 homodimer. Each propeller binds to a negatively charged MIOS-binding interface on CASTOR1 that is distal to the arginine pocket. The structure shows how arginine-triggered loop ordering in CASTOR1 blocks the MIOS-binding interface, switches off its binding to GATOR2 and, thus, communicates to downstream mTORC1 activation.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:40715445 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.02 - 3.89 Å
構造データ

70833

9oti

EMDB-70833, PDB-9oti:
GATOR2 complex bound to arginine sensor CASTOR1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-71136: Focused map GATOR2-CASTOR1 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.58 Å

EMDB-71137: Focused map for CASTOR1-GATOR2 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.44 Å

EMDB-71138: Focused map for CASTOR1-GATOR2 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.24 Å

EMDB-71139: Focused map for CASTOR1-GATOR2 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.72 Å

EMDB-71140: Focused map for CASTOR1-GATOR2 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

EMDB-71141: Focused maps for CASTOR1-GATOR2 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.02 Å

EMDB-71142: Consesus map for CASTOR1-GATOR2 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.89 Å

EMDB-71143: Focused map for CASTOR1-GATOR2 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードSIGNALING PROTEIN / Complex / mTORC1 / Signaling / Nutrients / Amino Acid Sensing

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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