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タイトルStructure of human mitochondrial pyruvate carrier MPC1 and MPC2 complex.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 6700, Year 2025
掲載日2025年7月21日
著者Yingyuan Sun / Yaru Wang / Zheng Xing / Dongyu Li / Rong Wang / Baozhi Chen / Ning Zhou / Alyssa Ayala / Benjamin P Tu / Xiaofeng Qi /
PubMed 要旨The Mitochondrial Pyruvate Carrier (MPC) bridges cytosolic and mitochondrial metabolism by transporting pyruvate into mitochondria for ATP production and biosynthesis of various essential molecules. ...The Mitochondrial Pyruvate Carrier (MPC) bridges cytosolic and mitochondrial metabolism by transporting pyruvate into mitochondria for ATP production and biosynthesis of various essential molecules. MPC functions as a heterodimer composed of MPC1 and MPC2 in most mammalian cells. Here, we present the cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of the human MPC1-2 complex in the mitochondrial intermembrane space (IMS)-open state and the inhibitor-bound in the mitochondrial matrix-open state. Structural analysis shows that the transport channel of MPC is formed by the interaction of transmembrane helix (TM) 1 and TM2 of MPC1 with TM2 and TM1 of MPC2, respectively. UK5099, a potent MPC inhibitor, shares the same binding site with pyruvate at the matrix side of the transport channel, stabilizing MPC in its matrix-open conformation. Notably, a functional W82F mutation in MPC2 leads to the complex in an IMS-open conformation. Structural comparisons across different conformations, combined with yeast rescue assays, reveal the mechanisms of substrate binding and asymmetric conformational changes in MPC during pyruvate transport across the inner mitochondrial membrane (IMM) as well as the inhibitory mechanisms of MPC inhibitors.
リンクNat Commun / PubMed:40691140 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.77 - 6.14 Å
構造データ

EMDB-70260: Human MPC1-2 Complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.14 Å

70261

9o9s

EMDB-70261, PDB-9o9s:
Structure of human MPC matrix-open
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.57 Å

70262

9o9t

EMDB-70262, PDB-9o9t:
Structure of human MPC IMS-open
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.31 Å

EMDB-70348: Human MPC1-2 Complex matrix-open
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.12 Å

EMDB-70349: Human MPC1-2 Complex matrix-open (TMs weighted)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.57 Å

EMDB-70350: Human MPC1-2 Complex IMS-open
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.77 Å

EMDB-70351: Human MPC1-2 Complex IMS-open (TMs weighted)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.31 Å

化合物

ChemComp-I2R:
(E)-2-cyano-3-(1-phenylindol-3-yl)prop-2-enoic acid / UK-5099 / 阻害剤*YM

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
キーワードMEMBRANE PROTEIN

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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