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Structure paper

タイトルStructural insights into zinc piracy by Neisseria gonorrhoeae to overcome nutritional immunity.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 34, Issue 2, Page 322-333.e6, Year 2026
掲載日2026年2月5日
著者Pooneh Tavakoley Gheinani / Aloke Bera / Julie Stoudenmire-Saylor / Yi Lien / Simone A Harrison / Alison Criss / Walter J Chazin / Nicholas Noinaj / Cynthia Nau Cornelissen /
PubMed 要旨With an estimated 106 million global cases annually, Neisseria gonorrhoeae (Ngo) poses a significant public health problem. Ngo demonstrates a remarkable capacity to overcome nutritional immunity ...With an estimated 106 million global cases annually, Neisseria gonorrhoeae (Ngo) poses a significant public health problem. Ngo demonstrates a remarkable capacity to overcome nutritional immunity through the deployment of specialized transporters that pirate metals such as zinc from human proteins such as calprotectin (hCP). We report the cryo-EM structure of Ngo TdfH in complex with a heterotetramer of hCP. An extensive binding interface is mediated almost entirely by the S100A9 subunits of hCP. Mutagenesis studies of residues in the large binding interface reveal minimal effects from single-site mutations, whereas larger truncations disrupt binding and function. These results support a mechanistic model based on the large interaction interface overcoming a steric clash between α-helix III of S100A9 and loops 5 and 9 of TdfH, which leads to the distortion of the proximal His6 site, followed by zinc release, and import through the barrel domain.
リンクStructure / PubMed:41418777 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.67 Å
構造データ

70277

9oaa

EMDB-70277, PDB-9oaa:
The structure of TdfH from Neisseria gonorrhoeae
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.67 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • neisseria gonorrhoeae fa 1090 (淋菌)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / outer membrane protein / metal transport / gram-negative bacteria / Neisseria / tonB dependent transporter

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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