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タイトルArchitecture of photosystem I-light-harvesting complex from the eukaryotic filamentous yellow-green alga Tribonema minus.
ジャーナル・号・ページJ Integr Plant Biol, Vol. 67, Issue 11, Page 3014-3031, Year 2025
掲載日2025年8月8日
著者Ruiqi Shao / Yuqi Zou / Hui Shang / Yue Qiu / Zuxing Liang / Xiaodong Su / Shumeng Zhang / Mei Li / Xiaowei Pan /
PubMed 要旨Eukaryotic photosystem I (PSI) is a multi-subunit pigment-protein supercomplex that consists of a core complex and multiple peripheral light-harvesting complexes I (LHCIs), which increases the light ...Eukaryotic photosystem I (PSI) is a multi-subunit pigment-protein supercomplex that consists of a core complex and multiple peripheral light-harvesting complexes I (LHCIs), which increases the light absorption capacity of the core complex. Throughout the evolution of oxygenic photoautotrophs, the core subunits of PSI have remained highly conserved, while LHCIs exhibit significant variability, presumably to adapt to diverse environments. This study presents a 2.82 Å resolution structure of PSI from the filamentous yellow-green alga Tribonema minus (Tm), a member of the class Xanthophyceae that evolved from red algae through endosymbiosis and is considered a promising candidate for biofuel production due to its high biomass and lipid content. Our structure reveals a supramolecular organization consisting of 12 core subunits and 13 LHCIs, here referred to as Xanthophyceae light-harvesting complexes (XLHs), along with the arrangement of pigments within the TmPSI-XLH supercomplex. A structural comparison between TmPSI-XLH and PSI-LHCI from various red lineages highlights distinctive features of TmPSI-XLH, suggesting that it represents a unique intermediate state in the PSI assembly process during the evolutionary transition from red algae to diatoms. Our findings advance the understanding of the molecular mechanisms responsible for energy transfer in Xanthophyceae PSI-XLH and the evolutionary adaptation of red lineages.
リンクJ Integr Plant Biol / PubMed:40778523
手法EM (単粒子)
解像度2.69 - 4.17 Å
構造データ

63625

9m4f

EMDB-63625, PDB-9m4f:
Photosystem I from the eukaryotic filamentous algae
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.82 Å

EMDB-63818: Focused refinement map of light harvesting complexes XLH2/3/4/5/6/7/12/13 in the PSI of Tribonema minus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.25 Å

EMDB-63819: Focus refinement map of the light harvesting complexes XLH1/8/9/10/11 in the PSI of Tribonema minus.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.35 Å

EMDB-63820: Focused refinement map of the core complex in the photosystem I of Tribonema minus.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.69 Å

EMDB-63821: Raw consensus map of PSI-LHCI supercomplex from Tribonema minus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.82 Å

EMDB-63822: Consensus map reconstructed from particles with optimal densities in the PsaS region.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.17 Å

化合物

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

ChemComp-DD6:
(3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

PDB-1l1g:
The Structure of Porcine Pancreatic Elastase Complexed with Xenon and Bromide, Cryoprotected with Glycerol

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

由来
  • tribonema minus (真核生物)
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Photosystem I / Xanthophyceae / Tribonema minus

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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