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タイトルCryo-EM structure of TMEM164 reveals distinct phospholipid remodeling mechanisms with anti-ferroptotic potential.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 17, Issue 1, Page 924, Year 2025
掲載日2025年12月20日
著者Minjing Ke / Yuanyue Shan / Ziwei Zhai / Guoqiang Yao / Xinyi Guo / Xiaoxi Li / Zichao Wu / Huifeng Chen / Mengmeng Zhang / Meiyu Chen / Ying Li / Chengchen Zhao / Bo Wang / Micky D Tortorella / Xiaodong Shu / Mingfeng Zhang / Junqi Kuang / Duanqing Pei /
PubMed 要旨Phospholipids in cell membrane provide both regulatory and structural function of a cell. How lipid remodeling regulates cell fate remains less explored. Here we report the cryo-electron microscopy ...Phospholipids in cell membrane provide both regulatory and structural function of a cell. How lipid remodeling regulates cell fate remains less explored. Here we report the cryo-electron microscopy structure of TMEM164 identified by genome-wide CRISPR screen as an anti-ferroptotic factor. The overall architecture reveals a dimer of two 7 transmembrane domain monomers and a metal ion catalytic center with phospholipid substrate in a distinct polyunsaturated fatty acyl (PUFA)-C123 intermediate state. Both loss and gain of its function result in the decline of PUFA-ePE and elevation of C16/18:1-ePE, consequently confer resistance to GPX4 inhibitor RSL3 induced ferroptosis. Mutagenesis studies further validate critical residues for the catalytic center (C123) and the chelates center (E106, Y177 and H181). Through virtual screen and rational design, we identify and test candidate inhibitors for TMEM164, including activity for Montelukast S-enantiomer with 4 order of magnitude higher affinity. Our works not only demonstrates TMEM164 as a membrane lipid remodeler that controls the ferroptotic fate, but also highlights the power of integrating multi-scale platforms to unravel distinct mechanisms and functions.
リンクNat Commun / PubMed:41422090 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.5 Å
構造データ

63426

9lw1

EMDB-63426, PDB-9lw1:
TMEM164-substrate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

化合物

ChemComp-LPC:
[1-MYRISTOYL-GLYCEROL-3-YL]PHOSPHONYLCHOLINE / O-(1-O-ミリストイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

ChemComp-4I1:
Petroselinic acid / ペトロセリン酸

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TMEM164

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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