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タイトルAmylopectin branch trimming and biosynthesis elucidated by the rice isoamylase ISA1-ISA2 heterocomplex.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 5638, Year 2025
掲載日2025年7月1日
著者Rong Fan / Zeyuan Guan / Guanghong Zhou / Xi Yang / Fei Zhang / Menglong Wu / Xuecui Wang / Jian Liu / Pei Chen / Yanjun Liu / Delin Zhang / Ping Yin / Junjie Yan /
PubMed 要旨Amylopectin, the primary form of starch in plant leaves, seeds and tubers, features a tree-like architecture with branched glucose chains. Excess branches result in the formation of soluble ...Amylopectin, the primary form of starch in plant leaves, seeds and tubers, features a tree-like architecture with branched glucose chains. Excess branches result in the formation of soluble phytoglycogen instead of starch granules. In higher plants and green algae, the debranching enzyme isoamylase ISA1 forms either homomultimer or hetero-multimer with ISA2 to facilitate branch trimming and starch granule formation, but the molecular basis remains largely unknown. In this study, we reconstitute the rice OsISA1-ISA2 complex in vitro and determine the cryo-EM structures of the OsISA1 homodimer, as well as the malto-oligosaccharide (MOS)-free and MOS-bound OsISA1-ISA2 heterocomplex. The OsISA1 dimer shows a tail-to-tail rod-like architecture, whereas the OsISA1-ISA2 complex mainly exhibits as a trimer, with OsISA2 flanking on the N-terminal segments of the dimeric OsISA1. Combined with comprehensive biochemical analyses, these structural data elucidate the organization of the ISA1-ISA2 heterocomplex in higher plants and demonstrate how ISA1 and ISA2 cooperate during amylopectin biosynthesis.
リンクNat Commun / PubMed:40595605 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.4 - 2.7 Å
構造データ

61158

9j60

EMDB-61158, PDB-9j60:
Cryo-EM structure of the rice isoamylase ISA1 dimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

61188

9j6x

EMDB-61188, PDB-9j6x:
Cryo-EM structure of the rice isoamylase ISA1-ISA2 heterocomplex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

63051

9lfn

EMDB-63051, PDB-9lfn:
Cryo-EM structure of the rice isoamylase ISA1-ISA2 heterocomplex incubated with Amylopectin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

化合物

ChemComp-GLC:
alpha-D-glucopyranose / α-D-グルコピラノ-ス

由来
  • oryza sativa japonica group (イネ)
キーワードHYDROLASE / isoamylase ISA1-ISA2

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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