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Structure paper

タイトルStructural basis of human zinc-activated channel (ZAC) signaling and modulation.
ジャーナル・号・ページCell Discov, Vol. 12, Issue 1, Year 2026
掲載日2026年3月31日
著者Zixuan Zhou / Yonghui Long / Yulin Chao / Chuanhui Yang / Yi-Quan Tang / Yilai Shu / Hongtao Zhu / Anders A Jensen / Qianhui Qu /
PubMed 要旨Zinc (Zn) plays essential roles in a plethora of physiological processes, including key functions as a neuromodulator. The zinc-activated channel (ZAC) belongs to the Cys-loop receptor (CLR) ...Zinc (Zn) plays essential roles in a plethora of physiological processes, including key functions as a neuromodulator. The zinc-activated channel (ZAC) belongs to the Cys-loop receptor (CLR) superfamily of pentameric ligand-gated ion channels, which also comprises receptors for the important neurotransmitters acetylcholine, serotonin, GABA and glycine. In contrast to these classical CLRs, which have been extensively explored over decades, ZAC remains poorly characterized despite its potential significance in mammals. Here, we present several cryo-EM structures of human ZAC, including the ligand-free resting state, the Zn-bound state, and several antagonist-bound states. In the Zn-bound structure, Zn ions bind to the subunit interfaces of the extracellular domain, corresponding to the canonical agonist-binding sites in the classical CLRs, and are primarily coordinated through cation‒π interactions with two aromatic residues. While the antagonist TTFB inhibits ZAC by insertion between the transmembrane M2 helices of adjacent subunits, d-tubocurarine acts in a dual manner by blocking the channel and interfering with agonist binding. Combined with mutagenesis and electrophysiological analysis, these evaluations highlight the distinctive structural and functional features of this atypical CLR.
リンクCell Discov / PubMed:41912481 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.54 - 3.35 Å
構造データ

63033

9let

EMDB-63033, PDB-9let:
Cryo-EM structure of human ZAC in zinc Binding State
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.62 Å

63034

9leu

EMDB-63034, PDB-9leu:
Cryo-EM structure of human ZAC with A152 mutant in zinc binding state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.63 Å

63035

9lev

EMDB-63035, PDB-9lev:
Cryo-EM structure of human ZAC in nanodisc in apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.35 Å

63036

9lex

EMDB-63036, PDB-9lex:
Cryo-EM structure of human ZAC in zinc partially binding state in nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.85 Å

63037

9ley

EMDB-63037, PDB-9ley:
Cryo-EM structure of human ZAC in complex with d-tubocurarine
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.97 Å

63038

9lez

EMDB-63038, PDB-9lez:
Cryo-EM structure of human ZAC in complex with N-(4-(tert-butyl)thiazol-2-yl)-3-fluorobenzamide (TTFB)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.54 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-TC9:
D-TUBOCURARINE / alkaloid*YM

PDB-1ekj:
THE X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF BETA CARBONIC ANHYDRASE FROM THE C3 DICOT PISUM SATIVUM

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • enterovirus a71 (エンテロウイルス)
  • human enterovirus 71 (エンテロウイルス)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Cys-loop receptor / homopentamer / cation channel / zinc-binding state / d-tubocurarine-binding site / TTFB binding state

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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