[日本語] English
文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルStructural decoding of reversible covalent linkage of odorants in human olfactory receptor OR6A2.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 189, Issue 5, Page 1451-1464.e27, Year 2026
掲載日2026年3月5日
著者Tian Wang / Yiran Wu / Ling Wang / Shanshan Li / Fei Zhao / Lijie Wu / Yue Liu / Jingzi Qin / Qiwen Tan / Junlin Liu / Liting Zeng / Yilin Chen / Shenyuan Gao / Wenqing Shui / Suwen Zhao / Tian Hua / Zhi-Jie Liu /
PubMed 要旨Olfactory receptors (ORs) are a diverse superfamily of G protein-coupled receptors responsible for odor detection that are also implicated in non-olfactory physiological functions. OR6A2, a class II ...Olfactory receptors (ORs) are a diverse superfamily of G protein-coupled receptors responsible for odor detection that are also implicated in non-olfactory physiological functions. OR6A2, a class II OR, selectively senses medium-chain aldehydes and belongs to a cluster of ORs genetically associated with the "soapy" perception of cilantro. It also modulates macrophage-mediated inflammatory responses. Structural studies of ORs have long been challenging. Using a back-mutation strategy, we engineered a functional OR6A2 variant (bmOR6A2) from a consensus OR6 (consOR6). Structures of bmOR6A2 in complex with aldehydes reveal a novel ligand-recognition mechanism involving a reversible Schiff base linkage with residue K, validated by mass spectrometry. By integrating structures of consOR6, molecular dynamics simulations, and functional assays, we identified a conserved DYY triad critical for activation in class II ORs. These findings establish a practical strategy for decoding odorant recognition, offering new insights into olfaction signaling and applications in fragrance and therapeutic development.
リンクCell / PubMed:41570822
手法EM (単粒子)
解像度2.54 - 3.33 Å
構造データ

EMDB-63007, PDB-9ldv:
Consensus olfactory receptor consOR6 in complex with mini-Golf trimeric protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.78 Å

EMDB-63008, PDB-9ldw:
Consensus olfactory receptor consOR6 bound to alpha-hexyl cinnamaldehyde and in complex with mini-Golf trimeric protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.62 Å

EMDB-63009, PDB-9ldx:
Consensus olfactory receptor consOR6 in complex with mini-Golf trimeric protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.83 Å

EMDB-63010, PDB-9ldz:
Consensus olfactory receptor consOR6 in complex with Gs trimeric protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.17 Å

EMDB-63011, PDB-9le0:
Consensus olfactory receptor bmOR6A2 in complex with mini-Golf trimeric protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.54 Å

EMDB-63012, PDB-9le1:
Consensus olfactory receptor bmOR6A2 in complex with mini-Golf trimeric protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-63013, PDB-9le2:
Consensus olfactory receptor bmOR6A2 in complex with mini-Golf trimeric protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.33 Å

化合物

PDB-1ejq:
SOLUTION STRUCTURE OF THE SYNDECAN-4 WHOLE CYTOPLASMIC DOMAIN IN THE PRESENCE OF PHOSPHATIDYLINOSITOL 4,5-BISPHOSPHATE

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL

PDB-1ejg:
CRAMBIN AT ULTRA-HIGH RESOLUTION: VALENCE ELECTRON DENSITY.

ChemComp-BZQ:
DIPHENYLMETHANONE

ChemComp-OYA:
OCTANAL

PDB-1ejh:
EIF4E/EIF4G PEPTIDE/7-METHYL-GDP

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
  • mus musculoides (ネズミ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / complex / MEMBRANE PROTEIN / GPCR / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る