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タイトルStructural insights into spliceosome fidelity: DHX35-GPATCH1- mediated rejection of aberrant splicing substrates.
ジャーナル・号・ページCell Res, Vol. 35, Issue 4, Page 296-308, Year 2025
掲載日2025年2月28日
著者Yi Li / Paulina Fischer / Mengjiao Wang / Qianxing Zhou / Aixia Song / Rui Yuan / Wanyu Meng / Fei Xavier Chen / Reinhard Lührmann / Benjamin Lau / Ed Hurt / Jingdong Cheng /
PubMed 要旨The spliceosome, a highly dynamic macromolecular assembly, catalyzes the precise removal of introns from pre-mRNAs. Recent studies have provided comprehensive structural insights into the step-wise ...The spliceosome, a highly dynamic macromolecular assembly, catalyzes the precise removal of introns from pre-mRNAs. Recent studies have provided comprehensive structural insights into the step-wise assembly, catalytic splicing and final disassembly of the spliceosome. However, the molecular details of how the spliceosome recognizes and rejects suboptimal splicing substrates remained unclear. Here, we show cryo-electron microscopy structures of spliceosomal quality control complexes from a thermophilic eukaryote, Chaetomium thermophilum. The spliceosomes, henceforth termed B*, are stalled at a catalytically activated state but prior to the first splicing reaction due to an aberrant 5' splice site conformation. This state is recognized by G-patch protein GPATCH1, which is docked onto PRP8-EN and -RH domains and has recruited the cognate DHX35 helicase to its U2 snRNA substrate. In B*, DHX35 has dissociated the U2/branch site helix, while the disassembly helicase DHX15 is docked close to its U6 RNA 3'-end substrate. Our work thus provides mechanistic insights into the concerted action of two spliceosomal helicases in maintaining splicing fidelity by priming spliceosomes that are bound to aberrant splice substrates for disassembly.
リンクCell Res / PubMed:40016598 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.8 - 3.5 Å
構造データ

62841

9l5r

EMDB-62841, PDB-9l5r:
Cryo-EM structure of the thermophile spliceosome (state ILS)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

62842

9l5s

EMDB-62842, PDB-9l5s:
Cryo-EM structure of the thermophile spliceosome (state B*Q1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

62843

9l5t

EMDB-62843, PDB-9l5t:
Cryo-EM structure of the thermophile spliceosome (state B*Q2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-62844: Cryo-EM structure of the thermophile spliceosome (state B*Q2 focus DHX15)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

化合物

ChemComp-M7M:
N,N,7-trimethylguanosine 5'-(trihydrogen diphosphate)

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-IHP:
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • chaetomium thermophilum (strain dsm 1495 / cbs 144.50 / imi 039719) (菌類)
  • Thermochaetoides thermophila (菌類)
キーワードSPLICING/RNA / Spilceosome / DHX15 / DHX35 / GPATCH1 / SPLICING-RNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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