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タイトルStructural Pharmacology of Bufotenine Derivatives in Activating the 5-HT Receptor for Therapeutic Potential in Depression and Anxiety.
ジャーナル・号・ページResearch (Wash D C), Vol. 8, Page 0987, Year 2025
掲載日2025年12月23日
著者Shu-Jie Li / Qing-Ning Yuan / Wen-Yuan Wu / Zhi-Han Chen / Duo Chen / Hong Shan / Qin-Yu Chu / Wen Hu / Kai Wu / Tao Liu / Yu-Yu Zhu / Li Hou / Jing Zhou / Jia Duan / Jin-Ao Duan / H Eric Xu / Hong-Yue Ma /
PubMed 要旨The 5-HT receptor is a critical target in the treatment of depression and anxiety. Bufotenine derivatives, such as 5-methoxy-,-dimethyltryptamine (5-MeO-DMT), 5-hydroxy-,-dimethyltryptamine (5-OH-DMT) ...The 5-HT receptor is a critical target in the treatment of depression and anxiety. Bufotenine derivatives, such as 5-methoxy-,-dimethyltryptamine (5-MeO-DMT), 5-hydroxy-,-dimethyltryptamine (5-OH-DMT), and 5-hydroxy-,,-dimethyltryptamine-derived from traditional Chinese medicine-have shown antidepressant potential. However, the structural basis of their interaction with 5-HT and their pharmacological profiles remain incompletely understood. This study investigated bufotenine derivatives acting on multiple serotonin receptors, highlighting 5-HT as a key mediator of antidepressant effects while recognizing 5-HT as primarily responsible for hallucinogenic outcomes, to identify candidates with therapeutic efficacy but reduced hallucinogenic liability. We determined the cryo-electron microscopy structures of 5-HT bound to selected bufotenine derivatives. Functional assays in mice, including behavioral tests and receptor activation studies, were used to evaluate the antidepressant of each compound. Structural analysis revealed that all bufotenine derivatives engage conserved motifs within the 5-HT binding pocket, with 5-OH-DMT displaying a distinct interaction pattern. Behavioral assays showed that 5-OH-DMT and 5-MeO-DMT retained strong antidepressant and anxiolytic effects. These pharmacological differences correlate with their unique receptor binding conformation. This study delineated the structural pharmacology of bufotenine derivatives at the 5-HT receptor, identifying 5-OH-DMT and 5-MeO-DMT as promising antidepressant and anxiolytic candidates. The findings establish a molecular framework for the development of next-generation nonhallucinogenic therapeutics aimed at 5-HT.
リンクResearch (Wash D C) / PubMed:41446874 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.54 - 2.63 Å
構造データ

62593

9kvg

EMDB-62593, PDB-9kvg:
A Cryo_EM structure of 5_HT1A complex with 5-Meo-DMT
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.63 Å

62594

9kvh

EMDB-62594, PDB-9kvh:
A Cryo_EM structure of 5_HT1A complex with TMT
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.59 Å

62595

9kvi

EMDB-62595, PDB-9kvi:
A Cryo_EM structure of 5_HT1A complex with DMT
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.54 Å

化合物


化合物 画像なし

ChemComp-YFW:
Unknown entry

ChemComp-CHO:
GLYCOCHENODEOXYCHOLIC ACID / 可溶化剤*YM

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

ChemComp-J40:
[(2R)-1-[oxidanyl-[(2R,3R,5S,6R)-2,3,5,6-tetrakis(oxidanyl)-4-phosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-3-tetradecanoyloxy-propan-2-yl] (5E,8E)-hexadeca-5,8,11,14-tetraenoate

ChemComp-HOH:
WATER

PDB-1eg9:
NAPHTHALENE 1,2-DIOXYGENASE WITH INDOLE BOUND IN THE ACTIVE SITE.

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL

PDB-1eg8:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / 5_HT1A

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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