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Structure paper

タイトルStructural basis of DNA replication fidelity of the Mpox virus.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 122, Issue 10, Page e2411686122, Year 2025
掲載日2025年3月11日
著者Yufeng Xie / Lu Kuai / Qi Peng / Qian Wang / Han Wang / Xiaomei Li / Jianxun Qi / Qiang Ding / Yi Shi / George F Gao /
PubMed 要旨The Mpox virus (MPXV) is an orthopoxvirus that caused a global outbreak in 2022. The poxvirus DNA polymerase complex is responsible for the replication and integrity of the viral genome; however, the ...The Mpox virus (MPXV) is an orthopoxvirus that caused a global outbreak in 2022. The poxvirus DNA polymerase complex is responsible for the replication and integrity of the viral genome; however, the molecular mechanisms underlying DNA replication fidelity are still unclear. In this study, we determined the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of the MPXV F8-A22-E4 polymerase holoenzyme in its editing state, in complex with mismatched primer-template DNA and DNA containing uracil deoxynucleotide. We showed that the MPXV polymerase has a similar replication-to-edit transition mechanism to proofread the mismatched nucleotides like the B-family DNA polymerases of other species. The unique processivity cofactor A22-E4 undergoes conformational changes in different working states and might affect the proofreading process. Moreover, we elucidated the base excision repair (BER) function of E4 as a uracil-DNA glycosylase and the coupling mechanism of genome replication and BER, characteristic of poxviruses. Our findings greatly enhance our molecular understanding of DNA replication fidelity of orthopoxviruses and will stimulate the development of broad-spectrum antiviral drugs.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:40035768 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.39 - 3.08 Å
構造データ

62196

9k9r

EMDB-62196, PDB-9k9r:
MPXV DNA polymerase in complex with primer/5U template DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.61 Å

62197

9k9s

EMDB-62197, PDB-9k9s:
MPXV DNA polymerase in complex with primer/4U template DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.39 Å

62198

9k9t

EMDB-62198, PDB-9k9t:
MPXV DNA polymerase in complex with CDV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.96 Å

62199

9k9u

EMDB-62199, PDB-9k9u:
MPXV DNA polymerase complex in editing state 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.08 Å

62200

9k9v

EMDB-62200, PDB-9k9v:
MPXV DNA polymerase complex in editing state 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-TTP:
THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE

由来
  • monkeypox virus (サル痘ウイルス)
キーワードREPLICATION/DNA / complex / replicate / DNA / mpox / polymerase / REPLICATION-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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