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Structure paper

タイトルStructural basis for the constitutive activity of the melanocortin receptor family.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 33, Issue 6, Page 1074-11087.e5, Year 2025
掲載日2025年6月5日
著者Wenbo Feng / Qingtong Zhou / Chang Zheng / Dehua Yang / Ming-Wei Wang /
PubMed 要旨The constitutive activity of melanocortin receptors (MCRs) is integral to several physiological processes. The unliganded cryo-electron microscopy structures of MC1R, MC2R, MC3R, MC4R, and MC5R in ...The constitutive activity of melanocortin receptors (MCRs) is integral to several physiological processes. The unliganded cryo-electron microscopy structures of MC1R, MC2R, MC3R, MC4R, and MC5R in complex with G proteins determined at global resolutions of 2.98 Å, 3.01 Å, 2.75 Å, 3.12 Å, and 2.86 Å, respectively, revealed that their binding poses and interactions with G are similar to those of agonist-bound MCRs. The extracellular regions of the transmembrane helices (TMs) exhibit distinct conformational rearrangements, characterized by varying shifts of TM3 and outward displacements of TM4. These variations represent unique structural features of constitutively activated MCRs. Unassigned electron densities were observed within the orthosteric pockets where extensive interactions with cognate ligands occur. In addition, zinc ions, but not calcium, positively regulated MC4R activity in a dose-dependent manner. Our findings provide valuable insights into the molecular mechanisms underlying MCR basal activity and highlight the role of divalent ions in receptor activation.
リンクStructure / PubMed:40157361
手法EM (単粒子)
解像度2.75 - 3.12 Å
構造データ

62014

9k3f

EMDB-62014, PDB-9k3f:
Cryo-EM structure of the unliganded human melanocortin receptor 3 (MC3R)-Gs complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.75 Å

62015

9k3h

EMDB-62015, PDB-9k3h:
Cryo-EM structure of the unliganded human melanocortin receptor 5 (MC5R)-Gs complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.86 Å

62017

9k3k

EMDB-62017, PDB-9k3k:
Cryo-EM structure of the unliganded human melanocortin receptor 4 (MC4R)-Gs complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.12 Å

62018

9k3l

EMDB-62018, PDB-9k3l:
Cryo-EM structure of the unliganded human melanocortin receptor 2 (MC2R)-Gs complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.01 Å

62024

9k3p

EMDB-62024, PDB-9k3p:
Cryo-EM structure of the unliganded human melanocortin receptor 1 (MC1R)-Gs complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.98 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
  • bos taurus (ウシ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / human melanocortin receptor 3 / G protein-coupled receptor / unliganded / constitutive activity / human melanocortin receptor 5 / human melanocortin receptor 4 / human melanocortin receptor 2 / human melanocortin receptor 1 / unliganded constitutive activity

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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