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タイトルStructure and assembly of Borna disease virus 1 nucleoprotein-RNA complexes.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 12, Issue 15, Page eaeb0835, Year 2026
掲載日2026年4月10日
著者Yukihiko Sugita / Yuya Hirai / Shinya H Goto / Takuro Fujiwara / Keizo Tomonaga / Takeshi Noda / Masayuki Horie /
PubMed 要旨Structures of nucleoprotein (N)-RNA complexes of the , a virus family in the order , have not been reported. Here, using cryo-electron microscopy (cryo-EM), we report high-resolution structures of ...Structures of nucleoprotein (N)-RNA complexes of the , a virus family in the order , have not been reported. Here, using cryo-electron microscopy (cryo-EM), we report high-resolution structures of Borna disease virus 1 (BoDV-1) N-RNA complex assemblies, including a dominant hexameric ring-like complex and less populated heptameric and octameric forms, the first RNA-bound N structures reported from this family. These structures reveal key features of N-RNA engagement and a BoDV-1-specific stoichiometry of eight nucleotides per N, providing a framework for comparison with related negative-strand RNA viruses. In addition to these RNA-bound complexes, we identified multiple RNA-free oligomers, indicating substantial conformational flexibility of N. Mutational analyses identified residues essential for nucleocapsid formation and RNA synthesis. Cryo-EM of mutant complexes captured RNA-free assemblies, suggesting that initial N oligomerization precedes RNA binding. These findings clarify the structural organization of the N-RNA complex and suggest how oligomeric plasticity contributes to nucleocapsid assembly.
リンクSci Adv / PubMed:41961918 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.78 - 9.12 Å
構造データ

EMDB-61914, PDB-9jzi:
Tetrameric complex (3D class 1) of the Borna disease virus 1 nucleoprotein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.09 Å

EMDB-61915, PDB-9jzj:
Tetrameric complex (3D class 2) of the Borna disease virus 1 nucleoprotein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.78 Å

EMDB-61916, PDB-9jzk:
Pentameric complex of the Borna disease virus 1 nucleoprotein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.84 Å

EMDB-61917, PDB-9jzl:
Hexameric ring-like complex of the Borna disease virus 1 nucleoprotein bound to RNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.21 Å

EMDB-61918: Heptameric ring-like complex of the Borna disease virus 1 nucleoprotein bound to RNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.14 Å

EMDB-61919: Octameric ring-like complex of the Borna disease virus 1 nucleoprotein bound to RNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.0 Å

EMDB-61920: Hexameric flat ring-like complex of the Borna disease virus 1 nucleoprotein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.76 Å

EMDB-61921: Hexameric oval ring-like complex of Borna disease virus 1 nucleoprotein with central extra density
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-61922: Hexameric oval ring-like complex of Borna disease virus 1 nucleoprotein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-61923: S-shaped octameric complex of the Borna disease virus 1 nucleoprotein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.13 Å

EMDB-61924: S-shaped nonameric complex of Borna disease virus 1 nucleoprotein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.08 Å

EMDB-61925: Triangular complex of Borna disease virus 1 nucleoprotein with 12 subunits
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.93 Å

EMDB-61926: Triangular complex of the Borna disease virus 1 nucleoprotein with 13 subunits
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.57 Å

EMDB-61927: Tetrameric complexes of the Borna disease virus 1 nucleoprotein arranged in a parallel configuration
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-61928: Tetrameric complexes of the Borna disease virus 1 nucleoprotein are arranged in an antiparallel configuration
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.15 Å

EMDB-61929, PDB-9jzn:
Tetrameric complex of the Borna disease virus 1 nucleoprotein (mutant Lys164Ala)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.15 Å

EMDB-61930: Pentameric complex of Borna disease virus 1 nucleoprotein (mutant Lys164Ala)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.99 Å

EMDB-61931: Hexameric ring-like complex of the Borna disease virus 1 nucleoprotein (mutant Lys164Ala)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.74 Å

EMDB-61932: Heptameric ring-like complex of the Borna disease virus 1 nucleoprotein (mutant Lys164Ala)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.12 Å

EMDB-61933: Hexameric flat ring-like complex of the Borna disease virus 1 nucleoprotein (mutant Lys164Ala)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.26 Å

EMDB-61934: Hexameric oval ring-like complex of the Borna disease virus 1 nucleoprotein (mutant Lys164Ala)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.2 Å

EMDB-61935: Heptameric flat ring-like complex of the Borna disease virus 1 nucleoprotein (mutant Lys164Ala)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.3 Å

EMDB-61936: S-shaped octameric complex of the Borna disease virus 1 nucleoprotein (mutant Lys164Ala)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.18 Å

EMDB-61937: Triangular hexameric complex of the Borna disease virus 1 nucleoprotein (mutant Lys164Ala)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.37 Å

EMDB-61938: Tetrameric complexes of the Borna disease virus 1 nucleoprotein (mutant Lys164Ala) in an antiparallel configuration
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.56 Å

EMDB-67470, PDB-21al:
Tetrameric complex of the Borna disease virus 1 nucleoprotein (mutant Arg341Ala)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.57 Å

EMDB-67471: Asymmetric tetrameric complex of the Borna disease virus 1 nucleoprotein (mutant Arg341Ala)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.01 Å

EMDB-67472: Tetrameric complexes of the Borna disease virus 1 nucleoprotein (mutant Arg341Ala) in an antiparallel configuration
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.2 Å

EMDB-67473: Hexameric complex of the Borna disease virus 1 nucleoprotein bound to RNA (mutant Arg341Ala)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.83 Å

EMDB-67474: Heptameric complex of the Borna disease virus 1 nucleoprotein bound to RNA (mutant Arg341Ala)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.76 Å

由来
  • borna disease virus 1 (ウイルス)
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードVIRAL PROTEIN / nucleoprotein / complex / VIRAL PROTEIN/RNA / VIRAL PROTEIN-RNA complex

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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