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タイトルA bispecific antibody designed to act as a NRP2/PLXNA1 agonist mimics anticancer activity of SEMA3F.
ジャーナル・号・ページJ Biol Chem, Vol. 302, Issue 2, Page 111056, Year 2025
掲載日2025年12月13日
著者Honglei Tian / Chun Po Fung / Luke Burman / Yeeting E Chong / Changdong Liu / Yanyan Geng / Lam Yang / Man Wai Chow / Yingyi Zhang / Kwok Wa Hugo Ho / Guang Zhu / Zhenguo Wu / Xiang-Lei Yang / Zhiwen Xu / Leslie A Nangle /
PubMed 要旨Neuropilin-2 (NRP2) is a pleiotropic receptor with diverse roles across biological systems. Recent work detailed its role as an immunomodulatory receptor target that is currently being explored in ...Neuropilin-2 (NRP2) is a pleiotropic receptor with diverse roles across biological systems. Recent work detailed its role as an immunomodulatory receptor target that is currently being explored in clinical development for interstitial lung diseases, establishing it as a viable therapeutic target. To mediate its diverse effects, NRP2 interacts with endogenous ligands, including semaphorins (SEMAs) and vascular endothelial growth factors, signaling via ligand-induced heterodimerization with various receptor families. One of these ligands, SEMA3F exhibits well-documented tumor-suppressive activities mediated through NRP2 and plexinA1 (PLXNA1). Despite its observed benefits, SEMA3F is not therapeutically viable due to the multifaceted nature of its functions through non-NRP2-mediated interactions, leading to concerns around potential toxicity. Here, we describe development of bispecific antibodies (bsAbs) that dimerize PLXNA1 and NRP2, selectively mimicking the beneficial aspects of SEMA3F signaling as a basis for a novel anticancer therapy. Using a single B cell-based mAb discovery platform, anti-PLXNA1 mAbs with diverse lineages were generated and combined with anti-NRP2 mAbs to produce over 200 PLXNA1-NRP2 bsAbs. Antibodies were screened in cell-based assays (receptor dimerization, phospho-AKT, oncogene expression, and cell proliferation), yielding one bsAb capable of mimicking NRP2-mediated SEMA3F activities in all assays. Structural studies revealed that this bsAb binds to PLXNA1/NRP2 at sites distinct from the SEMA3F-binding site, but in a manner that allows proper spacing for receptor complex formation and flexibility of conformational changes for signaling. This study demonstrates the potential of these receptors as targets for agonistic bsAbs development and provides the groundwork for further exploration in tumor models.
リンクJ Biol Chem / PubMed:41391772 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.33 Å
構造データ

61131

9j4c

EMDB-61131, PDB-9j4c:
Cryo-EM structure of aPlexinA1-19-43 Fab in complex with PlexinA1 dimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.33 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードPROTEIN BINDING/IMMUNE SYSTEM / Signalling / Fab / Complex / PROTEIN BINDING / PROTEIN BINDING-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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