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Structure paper

タイトルStructure-guided engineering of snake toxins for selective modulation of adrenergic and muscarinic receptors.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 6478, Year 2025
掲載日2025年7月14日
著者Yixuan Zhong / Huihui Tao / Yu Zhang / Binbin He / Haizhan Jiao / Dandan Wang / Maikun Teng / Hongli Hu / Qiong Guo / Yuyong Tao /
PubMed 要旨Adrenergic receptors (ARs) and muscarinic acetylcholine receptors (mAChRs) are essential G protein-coupled receptors (GPCRs) that regulate a wide range of physiological processes. Despite their ...Adrenergic receptors (ARs) and muscarinic acetylcholine receptors (mAChRs) are essential G protein-coupled receptors (GPCRs) that regulate a wide range of physiological processes. Despite their significance, developing subtype-selective modulators for these receptors has been a formidable challenge due to the high structural and sequence similarities within their subfamilies. In this study, we elucidated the recognition and regulatory mechanisms of ARs and mAChRs by muscarinic toxin 3 (MT3), a cross-reactive ligand derived from snake venom. By leveraging the distinct toxin-receptor interfaces, we engineer a panel of toxin variants capable of selectively modulating α2A and MAChR using computational design and directed evolution. These subtype-selective toxins not only provide valuable tools for basic research but also hold therapeutic potential for diseases associated with these GPCRs. This study further underscores the effectiveness of structure-guided approaches in transforming venom-derived scaffolds into receptor-specific modulators.
リンクNat Commun / PubMed:40659608 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.3 - 3.6 Å
構造データ

60793

9iqr

EMDB-60793, PDB-9iqr:
Cryo-EM structure of MT3-alpha2AAR
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

60794

9iqs

EMDB-60794, PDB-9iqs:
Cryo-EM structure of MT3-Muscarinic acetylcholine receptor 4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

60796

9iqv

EMDB-60796, PDB-9iqv:
Cryo-EM structure of MT3-alpha1AAR
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • dendroaspis angusticeps (コブラ)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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