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タイトルMembrane structure-responsive lipid scrambling by TMEM63B to control plasma membrane lipid distribution.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 32, Issue 1, Page 185-198, Year 2025
掲載日2024年10月18日
著者Yugo Miyata / Katsuya Takahashi / Yongchan Lee / Cheryl S Sultan / Risa Kuribayashi / Masatomo Takahashi / Kosuke Hata / Takeshi Bamba / Yoshihiro Izumi / Kehong Liu / Tomoko Uemura / Norimichi Nomura / So Iwata / Shigekazu Nagata / Tomohiro Nishizawa / Katsumori Segawa /
PubMed 要旨Phospholipids are asymmetrically distributed in the plasma membrane (PM), with phosphatidylcholine and sphingomyelin abundant in the outer leaflet. However, the mechanisms by which their distribution ...Phospholipids are asymmetrically distributed in the plasma membrane (PM), with phosphatidylcholine and sphingomyelin abundant in the outer leaflet. However, the mechanisms by which their distribution is regulated remain unclear. Here, we show that transmembrane protein 63B (TMEM63B) functions as a membrane structure-responsive lipid scramblase localized at the PM and lysosomes, activating bidirectional lipid translocation upon changes in membrane curvature and thickness. TMEM63B contains two intracellular loops with palmitoylated cysteine residue clusters essential for its scrambling function. TMEM63B deficiency alters phosphatidylcholine and sphingomyelin distributions in the PM. Persons with heterozygous mutations in TMEM63B are known to develop neurodevelopmental disorders. We show that V44M, the most frequent substitution, confers constitutive scramblase activity on TMEM63B, disrupting PM phospholipid asymmetry. We determined the cryo-electron microscopy structures of TMEM63B in its open and closed conformations, uncovering a lipid translocation pathway formed in response to changes in the membrane environment. Together, our results identify TMEM63B as a membrane structure-responsive scramblase that controls PM lipid distribution and we reveal the molecular basis for lipid scrambling and its biological importance.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:39424995 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.4 - 6.96 Å
構造データ

37501

8wg3

EMDB-37501, PDB-8wg3:
mouse TMEM63b in LMNG-CHS micelle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

37502

8wg4

EMDB-37502, PDB-8wg4:
mouse TMEM63b in DDM-CHS micelle with YN9303-24 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-60251: mouse TMEM63b in LMNG-CHS micelle with YN9303-24 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.63 Å

EMDB-60252: mouse TMEM63b in DDM-CHS micelle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.96 Å

化合物

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

ChemComp-LBN:
1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / リン脂質*YM

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • aequorea victoria (オワンクラゲ)
キーワードLIPID TRANSPORT / Scramblase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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