[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルDiscovery and structural basis of endogenous and exogenous inhibitors of the proton-activated-chloride channel.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 44, Issue 7, Page 115998, Year 2025
掲載日2025年7月22日
著者Heng Zhang / Zhijun Zhao / Xiaoying Chen / Qingxia Ma / Wenxuan Zhen / Qianqian Xu / Yaqi Wang / Bingyu He / Ying Huang / Pengfei Xu / Haoxing Xu / Zhimin Lu / Nannan Su / Fan Yang /
PubMed 要旨The proton-activated chloride (PAC) channel is a broadly expressed chloride channel that senses extracellular acidification, regulates endosomal acidification, and participates in many processes, ...The proton-activated chloride (PAC) channel is a broadly expressed chloride channel that senses extracellular acidification, regulates endosomal acidification, and participates in many processes, including acid-induced cell death and cancer cell migration. However, the lack of specific modulators has limited our understanding of its function and therapeutic potential. Here, we discovered that endogenous cholesterol (CHL) partially inhibits PAC channel activation. Moreover, we identified a series of CHL analogs and structurally related dyes as full antagonists of the PAC channel, with deoxycholic acid (DCA) and Evans blue (EB) as their representative compounds. By combining cryo-electron microscopy (cryo-EM) and patch-clamp recordings, we revealed the distinct binding and inhibition mechanisms of DCA and EB on this channel. Moreover, in malignant osteosarcoma cells, where PAC channel expression is upregulated, EB inhibited the migration and invasion of these cells. Therefore, we identified DCA and EB as pharmacological tools for the PAC channel, which forms a basis for future drug discovery targeting this channel.
リンクCell Rep / PubMed:40664207
手法EM (単粒子)
解像度2.89 - 3.85 Å
構造データ

60224

8zlb

EMDB-60224, PDB-8zlb:
EB bound state of hPAC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.85 Å

60228

8zll

EMDB-60228, PDB-8zll:
The apo state of hPAC with endogenous cholesterol
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.89 Å

63102

9lhm

EMDB-63102, PDB-9lhm:
hPAC structure in the presence of MbCD
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.43 Å

63110

9li2

EMDB-63110, PDB-9li2:
DCA-bound state of hPAC structure
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.72 Å

化合物

ChemComp-IZ8:
4-azanyl-6-[[4-[4-[(~{E})-(8-azanyl-1-oxidanyl-5,7-disulfo-naphthalen-2-yl)diazenyl]-3-methyl-phenyl]-2-methyl-phenyl]diazenyl]-5-oxidanyl-naphthalene-1,3-disulfonic acid

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL

ChemComp-DXC:
(3ALPHA,5BETA,12ALPHA)-3,12-DIHYDROXYCHOLAN-24-OIC ACID / 可溶化剤*YM

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / hPAC / EVANS BLUE / STRUCTUAL PROTEIN / PAC / DCA

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る