[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルSubstrate-induced assembly and functional mechanism of the membrane protein insertase SecYEG-YidC.
ジャーナル・号・ページEMBO J, Vol. 45, Issue 15, Page 5457-5481, Year 2026
掲載日2026年6月26日
著者Max Busch / Cristian Rosales-Hernandez / Michael Kamel / Yulia Schaumkessel / Eli O van der Sluis / Otto Berninghausen / Thomas Becker / Roland Beckmann / Alexej Kedrov /
PubMed 要旨The Sec translocon and the YidC/Oxa1-type insertases universally mediate biogenesis of α-helical membrane proteins, but the molecular basis of their cooperation has remained disputed. Recent ...The Sec translocon and the YidC/Oxa1-type insertases universally mediate biogenesis of α-helical membrane proteins, but the molecular basis of their cooperation has remained disputed. Recent discovery of multi-subunit insertases assembled at the back of the translocon in fungi and higher eukaryotes has raised questions about the architecture and mechanism of the putative bacterial ortholog SecYEG-YidC. Here, we combine cryogenic electron microscopy with cell-free protein synthesis to visualize biogenesis of the SecYEG/YidC-dependent multipass membrane protein NuoK. The nascent chain of NuoK does not enter the lateral gate of SecYEG but instead crosses the translocon towards its back side, where YidC is recruited in the nascent substrate-dependent manner. The SecY-YidC interface promotes folding of the transmembrane helices before insertion, consistent with thermodynamic principles of membrane protein folding. YidC forms extensive contacts with the nascent chain, suggesting its key role in the insertion event. These findings provide mechanistic insight into membrane protein insertases, support evolutionary conservation of a gate-independent insertion route, and expand current models of membrane protein biogenesis.
リンクEMBO J / PubMed:42362696 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.44 - 3.76 Å
構造データ

EMDB-53560: Structure of a stalled E. coli 70S RNC-NuoK-48 in complex with the SecYEG Translocon.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.62 Å

EMDB-53568: Structure of a stalled E. coli 70S RNC-NuoK-48 in complex with the SecYEG Translocon (Focused Refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-53584: Structure of a stalled E. coli 70S RNC-NuoK-86-E36K-E76K-mutant in complex with the SecYEG-YidC membrane protein insertase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.87 Å

EMDB-53585: Structure of a stalled E. coli 70S RNC-NuoK-86-E36K-E76K-mutant in complex with the SecYEG-YidC membrane protein insertase (Focused Refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-53587: Structure of a stalled E. coli 70S RNC-NuoK-86 in complex with the SecYEG-YidC membrane protein insertase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.73 Å

EMDB-53589: Structure of a stalled E. coli 70S RNC-NuoK-86 in complex with the SecYEG-YidC membrane protein insertase (Focused Refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.19 Å

53892

9rbf

EMDB-53892, PDB-9rbf:
Structure of a stalled E. coli 70S RNC-NuoK-86 in complex with the membrane protein insertase SecYEG-YidC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.44 Å

EMDB-53893: Structure of a stalled E. coli 70S RNC-NuoK-86 in complex with the membrane protein insertase SecYEG-YidC (Focused Refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.76 Å

EMDB-53894: Structure of a stalled E. coli 70S RNC-NuoK-86 in complex with the membrane protein insertase SecYEG-YidC (Composite map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.76 Å

EMDB-55568: Structure of a stalled E. coli 70S RNC-NuoK-86 in complex with SecYEG (Consensus Refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.55 Å

EMDB-55570: Structure of a stalled E. coli 70S RNC-NuoK-70 in complex with SecYEG-YidC (Consensus Refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.85 Å

EMDB-55571: Structure of a stalled E. coli 70S RNC-NuoK-70 in complex with SecYEG-YidC (Focused Refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

55598

9t5x

EMDB-55598, PDB-9t5x:
Structure of a stalled E. coli 70S RNC-NuoK-70 in complex with the membrane protein insertase SecYEG-YidC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.85 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-PRO:
PROLINE

ChemComp-SPM:
SPERMINE

ChemComp-PRI:
PYRROLIDINE-2-CARBALDEHYDE

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードPROTEIN TRANSPORT / 70S Ribosome / SecYEG translocon / YidC / NuoK

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る