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Structure paper

タイトルComputational design of self-assembling protein nanomaterials with atomic level accuracy.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 336, Issue 6085, Page 1171-1174, Year 2012
掲載日2012年6月1日
著者Neil P King / William Sheffler / Michael R Sawaya / Breanna S Vollmar / John P Sumida / Ingemar André / Tamir Gonen / Todd O Yeates / David Baker /
PubMed 要旨We describe a general computational method for designing proteins that self-assemble to a desired symmetric architecture. Protein building blocks are docked together symmetrically to identify ...We describe a general computational method for designing proteins that self-assemble to a desired symmetric architecture. Protein building blocks are docked together symmetrically to identify complementary packing arrangements, and low-energy protein-protein interfaces are then designed between the building blocks in order to drive self-assembly. We used trimeric protein building blocks to design a 24-subunit, 13-nm diameter complex with octahedral symmetry and a 12-subunit, 11-nm diameter complex with tetrahedral symmetry. The designed proteins assembled to the desired oligomeric states in solution, and the crystal structures of the complexes revealed that the resulting materials closely match the design models. The method can be used to design a wide variety of self-assembling protein nanomaterials.
リンクScience / PubMed:22654060 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.21 - 20.0 Å
構造データ

EMDB-5438:
3D reconstruction of a self-assembling designed oligomer with octahedral symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

PDB-3vcd:
Computationally Designed Self-assembling Octahedral Cage protein, O333, Crystallized in space group R32
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.35 Å

PDB-4dcl:
Computationally Designed Self-assembling tetrahedron protein, T308, Crystallized in space group F23
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.35 Å

PDB-4ddf:
Computationally Designed Self-assembling Octahedral Cage protein, O333, Crystallized in space group P4
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.15 Å

PDB-4egg:
Computationally Designed Self-assembling tetrahedron protein, T310
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.21 Å

化合物

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド / 塩化物

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル / グリセリン

由来
  • salmonella enterica (サルモネラ菌)
  • staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / self assembling octahedral cage design / TRANSFERASE (転移酵素) / self assembling tetrahedron design

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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