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タイトルA natural depsipeptide antibiotic binds the E-site of the bacterial ribosome.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 655, Issue 8123, Page 737-746, Year 2026
掲載日2026年6月3日
著者Manpreet Kaur / Dmitrii Y Travin / Max J Berger / Manoj Jangra / Martino Morici / Haaris A Safdari / Dorota Klepacki / Wenliang Wang / Michael Cook / Sommer Chou / Allison K Guitor / Kalinka Koteva / Min Xu / Linda Ejim / Aline Fiebig / Yeganeh Yousefi / Brian K Coombes / Lesley Macneil / Nora Vázquez-Laslop / Alexander S Mankin / Daniel N Wilson / Gerard D Wright /
PubMed 要旨A key challenge in addressing the antibiotic resistance crisis is identifying new antimicrobial compounds. Although natural products produced by fungi and bacteria, particularly actinomycetes, have ...A key challenge in addressing the antibiotic resistance crisis is identifying new antimicrobial compounds. Although natural products produced by fungi and bacteria, particularly actinomycetes, have been the source of most antibiotics discovered over the past 80 years, they have fallen out of favour owing to the frequent rediscovery of known drug scaffolds. The current perception is that antibiotic-producing actinomycetes have been over-mined and possess little novelty left to yield. Here we demonstrate that by using improved fractionation approaches that enrich previously overlooked minor products, even well-studied strains of antibiotic-producing actinomycetes can provide new chemical scaffolds with unique modes of action. By fractionating a library of natural product extracts from soil bacteria, we show that Streptomyces rimosus, the source of the well-known antibiotic oxytetracycline, produces a cyclic depsipeptide antibiotic that we call manikomycin. Manikomycin can kill multidrug-resistant Enterobacteriaceae and is not susceptible to resistance associated with clinically used antibiotics. Biochemical, genetic and structural analyses reveal that manikomycin binds in the E-site of the large subunit of the bacterial ribosome, preventing entry of the 3' end of the tRNA into the E-site and effectively hindering the translocation step of protein synthesis in a sequence-context-specific manner. Manikomycin is the first antibacterial agent, to our knowledge, to target the critical but underexplored E-site in the large ribosomal subunit, highlighting its value as a lead for developing new antibiotics.
リンクNature / PubMed:42236948 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.4 - 2.45 Å
構造データ

53943

9rfw

EMDB-53943, PDB-9rfw:
Manikomycin bound to the Escherichia coli 50S ribosomal subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

54009

9rja

EMDB-54009, PDB-9rja:
Manikomycin bound to the Escherichia coli 70S ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.45 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-K:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-PAR:
PAROMOMYCIN / Antimicrobial, 薬剤*YM

ChemComp-SPD:
SPERMIDINE

由来
  • escherichia coli bw25113 (大腸菌)
  • streptomyces rimosus (バクテリア)
キーワードANTIBIOTIC / Dal2 / PrAMP / Ribosome / Translation / Initiation / Nascent polypeptide exit tunnel / Cryo-EM / Manikomycin / E-site / Elongation

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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