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Structure paper

タイトルRemodeling of actin filaments by ADF/cofilin proteins.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 108, Issue 51, Page 20568-20572, Year 2011
掲載日2011年12月20日
著者Vitold E Galkin / Albina Orlova / Dmitri S Kudryashov / Alexander Solodukhin / Emil Reisler / Gunnar F Schröder / Edward H Egelman /
PubMed 要旨Cofilin/ADF proteins play key roles in the dynamics of actin, one of the most abundant and highly conserved eukaryotic proteins. We used cryoelectron microscopy to generate a 9-Å resolution three- ...Cofilin/ADF proteins play key roles in the dynamics of actin, one of the most abundant and highly conserved eukaryotic proteins. We used cryoelectron microscopy to generate a 9-Å resolution three-dimensional reconstruction of cofilin-decorated actin filaments, the highest resolution achieved for a complex of F-actin with an actin-binding protein. We show that the cofilin-induced change in the filament twist is due to a unique conformation of the actin molecule unrelated to any previously observed state. The changes between the actin protomer in naked F-actin and in the actin-cofilin filament are greater than the conformational changes between G- and F-actin. Our results show the structural plasticity of actin, suggest that other actin-binding proteins may also induce large but different conformational changes, and show that F-actin cannot be described by a single molecular model.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:22158895 / PubMed Central
手法EM (らせん対称)
解像度9.0 Å
構造データ

5354

3j0s

EMDB-5354: Remodeling of actin filaments by ADF-cofilin proteins
PDB-3j0s: Remodeling of actin filaments by ADF cofilin proteins
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 9.0 Å

由来
  • gallus gallus (ニワトリ)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードCONTRACTILE PROTEIN/PROTEIN BINDING / helical polymer / CONTRACTILE PROTEIN-ACTIN BINDING PROTEIN complex / CONTRACTILE PROTEIN-PROTEIN BINDING complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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