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Structure paper

タイトルStructural studies on ribosomes of differentially macrolide-resistant strains.
ジャーナル・号・ページLife Sci Alliance, Vol. 8, Issue 8, Year 2025
掲載日2025年6月9日
著者André Rivalta / Aliza Fedorenko / Alexandre Le Scornet / Sophie Thompson / Yehuda Halfon / Elinor Breiner Goldstein / Sude Çavdaroglu / Tal Melenitzky / Disha-Gajanan Hiregange / Ella Zimmerman / Anat Bashan / Mee-Ngan Frances Yap / Ada Yonath /
PubMed 要旨Antimicrobial resistance is a major global health challenge, diminishing the efficacy of many antibiotics, including macrolides. In , an opportunistic pathogen, macrolide resistance is primarily ...Antimicrobial resistance is a major global health challenge, diminishing the efficacy of many antibiotics, including macrolides. In , an opportunistic pathogen, macrolide resistance is primarily mediated by Erm-family methyltransferases, which mono- or dimethylate A2058 in the 23S ribosomal RNA, reducing drug binding. Although macrolide-ribosome interactions have been characterized in nonpathogenic species, their structural basis in clinically relevant pathogens remains limited. In this study, we investigate the impact of -mediated resistance on drug binding by analyzing ribosomes from strains with varying levels of expression and activity. Using cryo-electron microscopy, we determined the high-resolution structures of solithromycin-bound ribosomes, including those with dimethylated A2058. Our structural analysis reveals the specific interactions that enable solithromycin binding despite double methylation and resistance, as corroborated by microbiological and biochemical data, suggesting that further optimization of ketolide-ribosome interactions could enhance macrolide efficacy against resistant strains.
リンクLife Sci Alliance / PubMed:40490363 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.07 - 2.39 Å
構造データ

EMDB-52642: Consensus map of the 70S ribosome of a MLSb sensitive S. aureus strain "KES34" in complex with solithromycin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.15 Å

EMDB-52647: Focused refinement of the large ribosomal subunit of a MLSb sensitive S. aureus strain "KES34" in complex with solithromycin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.07 Å

EMDB-52648: Postprocessed map of the focused refinement of the small ribosomal subunit body of a MLSb sensitive S. aureus strain "KES34"
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.39 Å

EMDB-52649: Postprocessed map of the focused refinement of the small ribosomal subunit head of the MLSb sensitive S. aureus strain "KES34"
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.39 Å

53066

9qeg

EMDB-53066, PDB-9qeg:
Cryo-EM structure of the 70S ribosome of a MLSb sensitive S. aureus strain "KES34" in complex with solithromycin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.21 Å

53067

9qeh

EMDB-53067, PDB-9qeh:
Cryo-EM structure of the A2085-methylated 50S ribosome of a MLSb resistant S. aureus strain "MNY196" in complex with solithromycin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.08 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-EM1:
(3aS,4R,7S,9R,10R,11R,13R,15R,15aR)-1-{4-[4-(3-aminophenyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]butyl}-4-ethyl-7-fluoro-11-methoxy-3a / ソリスロマイシン / 抗生剤*YM

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • staphylococcus aureus subsp. aureus usa300 (黄色ブドウ球菌)
キーワードRIBOSOME / resistance / rRNA / antibiotic

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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