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タイトルThe bacterial ESCRT-III PspA rods thin lipid tubules and increase membrane curvature through helix α0 interactions.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 122, Issue 32, Page e2506286122, Year 2025
掲載日2025年8月12日
著者Esther Hudina / Stephan Schott-Verdugo / Benedikt Junglas / Mirka Kutzner / Ilona Ritter / Nadja Hellmann / Dirk Schneider / Holger Gohlke / Carsten Sachse /
PubMed 要旨The phage shock protein A (PspA), a bacterial member of the endosomal sorting complexes required for transport (ESCRT)-III superfamily, forms rod-shaped helical assemblies that internalize membrane ...The phage shock protein A (PspA), a bacterial member of the endosomal sorting complexes required for transport (ESCRT)-III superfamily, forms rod-shaped helical assemblies that internalize membrane tubules. The N-terminal helix α0 of PspA (and other ESCRT-III members) has been suggested to act as a membrane anchor; the detailed mechanism, however, of how it binds to membranes and eventually triggers membrane fusion and/or fission events remains unclear. By solving a total of 15 cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of PspA and a truncation lacking the N-terminal helix α0 in the presence of polar lipid membranes, we show in molecular detail how PspA interacts with and remodels membranes: Binding of the N-terminal helix α0 in the outer tubular membrane leaflet induces membrane curvature, supporting membrane tubulation by PspA. Detailed molecular dynamics simulations and free energy computations of interactions between the helix α0 and negatively charged membranes suggest a compensating mechanism between helix-membrane interactions and the energy contributions required for membrane bending. The energetic considerations are in line with the membrane structures observed in the cryo-EM images of tubulated membrane vesicles, fragmented vesicles inside tapered PspA rods, and shedded vesicles emerging at the thinner PspA rod ends. Our results provide insights into the molecular determinants and a potential mechanism of vesicular membrane remodeling mediated by a member of the ESCRT-III superfamily.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:40758888 / PubMed Central
手法EM (らせん対称)
解像度3.8 - 6.5 Å
構造データ

EMDB-52526, PDB-9hzm:
235 A SynPspA H1-5 rod after incubation with EPL
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-52527, PDB-9hzn:
250 A SynPspA H1-5 rod after incubation with EPL
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-52528, PDB-9hzo:
270 A C1 SynPspA H1-5 rod after incubation with EPL
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-52529, PDB-9hzp:
270 A C2 SynPspA H1-5 rod after incubation with EPL
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.95 Å

EMDB-52530, PDB-9hzq:
280 A SynPspA H1-5 rod after incubation with EPL
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.95 Å

EMDB-52531, PDB-9hzr:
290 A SynPspA H1-5 rod after incubation with EPL
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 5.4 Å

EMDB-52532, PDB-9hzs:
200 A SynPspA rod after incubation with EPL
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.7 Å

EMDB-52533, PDB-9hzt:
215 A SynPspA rod after incubation with EPL
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 5.8 Å

EMDB-52534, PDB-9hzu:
235 A SynPspA rod after incubation with EPL
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 6.2 Å

EMDB-52535, PDB-9hzv:
250 A SynPspA rod after incubation with EPL
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 6.1 Å

EMDB-52536, PDB-9hzw:
270 A SynPspA rod after incubation with EPL
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 5.5 Å

EMDB-52537, PDB-9hzx:
280 A SynPspA rod after incubation with EPL
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 5.3 Å

EMDB-52538, PDB-9hzy:
290 A SynPspA rod after incubation with EPL
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.7 Å

EMDB-52539, PDB-9hzz:
305 A SynPspA rod after incubation with EPL
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-52540, PDB-9i00:
320 A SynPspA rod after incubation with EPL
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 5.2 Å

EMDB-52541, PDB-9i01:
345 A SynPspA rod after incubation with EPL
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 6.5 Å

由来
  • synechocystis sp. pcc 6803 (バクテリア)
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Nucleotide binding / Helical assembly / ESCRT-III fold / Membrane remodeling

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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