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タイトルPassage of the HIV capsid cracks the nuclear pore.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 188, Issue 4, Page 930-943.e21, Year 2025
掲載日2025年2月20日
著者Jan Philipp Kreysing / Maziar Heidari / Vojtech Zila / Sergio Cruz-León / Agnieszka Obarska-Kosinska / Vibor Laketa / Lara Rohleder / Sonja Welsch / Jürgen Köfinger / Beata Turoňová / Gerhard Hummer / Hans-Georg Kräusslich / Martin Beck /
PubMed 要旨Upon infection, human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) releases its cone-shaped capsid into the cytoplasm of infected T cells and macrophages. The capsid enters the nuclear pore complex (NPC), ...Upon infection, human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) releases its cone-shaped capsid into the cytoplasm of infected T cells and macrophages. The capsid enters the nuclear pore complex (NPC), driven by interactions with numerous phenylalanine-glycine (FG)-repeat nucleoporins (FG-Nups). Whether NPCs structurally adapt to capsid passage and whether capsids are modified during passage remains unknown, however. Here, we combined super-resolution and correlative microscopy with cryoelectron tomography and molecular simulations to study the nuclear entry of HIV-1 capsids in primary human macrophages. Our data indicate that cytosolically bound cyclophilin A is stripped off capsids entering the NPC, and the capsid hexagonal lattice remains largely intact inside and beyond the central channel. Strikingly, the NPC scaffold rings frequently crack during capsid passage, consistent with computer simulations indicating the need for NPC widening. The unique cone shape of the HIV-1 capsid facilitates its entry into NPCs and helps to crack their rings.
リンクCell / PubMed:39826544
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度24.5 - 36.7 Å
構造データ

EMDB-51531: HIV-1 CA hexamer from capsids inside virions (FIB-lamella data of HIV infected macrophages)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 30.1 Å

EMDB-51532: HIV-1 CA hexamer from cytoplasmic capsids (FIB-lamella data of HIV infected macrophages)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 27.7 Å

EMDB-51533: HIV-1 CA hexamer from capsids inside NPCs (FIB-lamella data of HIV infected macrophages)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 33.0 Å

EMDB-51534: HIV-1 CA hexamer from nuclear capsids (FIB-lamella data of HIV infected macrophages)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 29.7 Å

EMDB-51535: HIV-1 CA pentamer from capsids inside virions (FIB-lamella data of HIV infected macrophages)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 29.0 Å

EMDB-51536: HIV-1 CA pentamer from cytoplasmic capsids (FIB-lamella data of HIV infected macrophages)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 29.2 Å

EMDB-51626: In situ human cytoplasmic ring subunit of nuclear pore complex (FIB-lamella data of HIV infected macrophages)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 24.5 Å

EMDB-51627: In situ human inner ring subunit of nuclear pore complex (FIB-lamella data of HIV infected macrophages)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 28.5 Å

EMDB-51628: In situ human nuclear ring subunit of nuclear pore complex (FIB-lamella data of HIV infected macrophages)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 27.9 Å

EMDB-51629: In situ human luminal ring subunit of nuclear pore complex (FIB-lamella data of HIV infected macrophages)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 28.5 Å

EMDB-51630: In situ human basket attachment to nuclear ring of nuclear pore complex (FIB-lamella data of HIV infected macrophages)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 33.2 Å

EMDB-51631: In situ human asymmetric subunit of nuclear pore complex (FIB-lamella data of HIV infected macrophages)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 31.8 Å

EMDB-51632: In situ human symmetrized composite map of nuclear pore complex (FIB-lamella data of HIV infected macrophages)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 28.0 Å

EMDB-52138: In situ human cytoplasmic ring subunit of nuclear pore complex (FIB-lamella data of mock infected macrophages)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 27.9 Å

EMDB-52139: In situ human inner ring subunit of nuclear pore complex (FIB-lamella data of mock infected macrophages)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 30.1 Å

EMDB-52140: In situ human nuclear ring subunit of nuclear pore complex (FIB-lamella data of mock infected macrophages)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 30.4 Å

EMDB-52141: In situ human luminal ring subunit of nuclear pore complex (FIB-lamella data of mock infected macrophages)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 29.1 Å

EMDB-52142: In situ human basket attachment to nuclear ring of nuclear pore complex (FIB-lamella data of mock infected macrophages)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 36.7 Å

EMDB-52143: In situ human asymmetric subunit of nuclear pore complex (FIB-lamella data of mock infected macrophages)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 34.9 Å

EMDB-52144: In situ human symmetrized composite map of nuclear pore complex (FIB-lamella data of mock infected macrophages)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 30.0 Å

由来
  • Homo sapiens (ヒト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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