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万見
- EMDB-52139: In situ human inner ring subunit of nuclear pore complex (FIB-lam... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52139
タイトルIn situ human inner ring subunit of nuclear pore complex (FIB-lamella data of mock infected macrophages)
マップデータInner ring of NPC from mock infected macrophages - masked
試料
  • 細胞: In situ human inner ring subunit of nuclear pore complex (FIB-lamella data of mock infected macrophages)
キーワードNuclear envelope / Nuclear pore / Nucleocytoplasmic transport / NPC / STRUCTURAL PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 30.1 Å
データ登録者Kreysing JP / Welsch S / Turonova B / Beck M
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
German Research Foundation (DFG)240245660 ドイツ
引用ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: Passage of the HIV capsid cracks the nuclear pore.
著者: Jan Philipp Kreysing / Maziar Heidari / Vojtech Zila / Sergio Cruz-León / Agnieszka Obarska-Kosinska / Vibor Laketa / Lara Rohleder / Sonja Welsch / Jürgen Köfinger / Beata Turoňová / ...著者: Jan Philipp Kreysing / Maziar Heidari / Vojtech Zila / Sergio Cruz-León / Agnieszka Obarska-Kosinska / Vibor Laketa / Lara Rohleder / Sonja Welsch / Jürgen Köfinger / Beata Turoňová / Gerhard Hummer / Hans-Georg Kräusslich / Martin Beck /
要旨: Upon infection, human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) releases its cone-shaped capsid into the cytoplasm of infected T cells and macrophages. The capsid enters the nuclear pore complex (NPC), ...Upon infection, human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) releases its cone-shaped capsid into the cytoplasm of infected T cells and macrophages. The capsid enters the nuclear pore complex (NPC), driven by interactions with numerous phenylalanine-glycine (FG)-repeat nucleoporins (FG-Nups). Whether NPCs structurally adapt to capsid passage and whether capsids are modified during passage remains unknown, however. Here, we combined super-resolution and correlative microscopy with cryoelectron tomography and molecular simulations to study the nuclear entry of HIV-1 capsids in primary human macrophages. Our data indicate that cytosolically bound cyclophilin A is stripped off capsids entering the NPC, and the capsid hexagonal lattice remains largely intact inside and beyond the central channel. Strikingly, the NPC scaffold rings frequently crack during capsid passage, consistent with computer simulations indicating the need for NPC widening. The unique cone shape of the HIV-1 capsid facilitates its entry into NPCs and helps to crack their rings.
履歴
登録2024年11月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月15日-
マップ公開2025年1月15日-
更新2025年3月5日-
現状2025年3月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52139.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52139.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Inner ring of NPC from mock infected macrophages - masked
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
9.66 Å/pix.
x 112 pix.
= 1081.472 Å		9.66 Å/pix.
x 112 pix.
= 1081.472 Å		9.66 Å/pix.
x 112 pix.
= 1081.472 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 9.656 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.47919244 - 0.56275487
平均 (標準偏差)0.00074000953 (±0.021815076)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ112112112
Spacing112112112
セルA=B=C: 1081.472 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Inner ring of NPC from mock infected macrophages - unmasked

ファイルemd_52139_additional_1.map
注釈Inner ring of NPC from mock infected macrophages - unmasked
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Inner ring of NPC from mock infected macrophages - half1

ファイルemd_52139_half_map_1.map
注釈Inner ring of NPC from mock infected macrophages - half1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Inner ring of NPC from mock infected macrophages - half2

ファイルemd_52139_half_map_2.map
注釈Inner ring of NPC from mock infected macrophages - half2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : In situ human inner ring subunit of nuclear pore complex (FIB-lam...

全体名称: In situ human inner ring subunit of nuclear pore complex (FIB-lamella data of mock infected macrophages)
要素
  • 細胞: In situ human inner ring subunit of nuclear pore complex (FIB-lamella data of mock infected macrophages)

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超分子 #1: In situ human inner ring subunit of nuclear pore complex (FIB-lam...

超分子名称: In situ human inner ring subunit of nuclear pore complex (FIB-lamella data of mock infected macrophages)
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 310 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 2.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 53000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: novaSTA / 使用したサブトモグラム数: 760
抽出トモグラム数: 52 / 使用した粒子像数: 940 / ソフトウェア - 名称: novaSTA
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: novaSTA / 詳細: Cross correlations
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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