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タイトルStructural organization of p62 filaments and the cellular ultrastructure of calcium-rich p62-enwrapped lipid droplet cargo.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 10810, Year 2025
掲載日2025年11月28日
著者Sabrina Berkamp / Lisa Jungbluth / Alexandros Katranidis / Siavash Mostafavi / Olivera Korculanin / Peng-Han Lu / Lotte Ickert / Maya M Dierig / Lokesh Sharma / Lipi Thukral / Pitter F Huesgen / Natalia L Kononenko / Jörg Fitter / Rafal E Dunin-Borkowski / Carsten Sachse /
PubMed 要旨The selective autophagy receptor p62/SQSTM1 is known to form higher-order filaments in vitro and to undergo liquid-liquid phase separation when mixed with poly-ubiquitin. Here, we determine the full- ...The selective autophagy receptor p62/SQSTM1 is known to form higher-order filaments in vitro and to undergo liquid-liquid phase separation when mixed with poly-ubiquitin. Here, we determine the full-length cryo-EM structure of p62 and elucidate a structured double helical filament scaffold composed of the PB1-domain associated with the flexible C-terminal part and the solvent-accessible major groove. At different pH values and upon binding to soluble LC3, LC3-conjugated membranes and poly-ubiquitin, we observe p62 filament re-arrangements in the form of structural unwinding, disassembly, lateral association and bundling, respectively. In the cellular environment, under conditions of ATG5 knockdown leading to stalled autophagy, we imaged high-contrast layers consisting of p62 oligomers enwrapping lipid droplets by cryogenic electron tomography in situ, which we identified as calcium as well as phosphorus by compositional spectroscopy analysis. Together, we visualize the cellular ultrastructure of p62 oligomers with high calcium content as a potential early stage of autophagy.
リンクNat Commun / PubMed:41315362 / PubMed Central
手法EM (らせん対称)
解像度4.5 Å
構造データ

52134

9hge

EMDB-52134: double helical p62/SQSTM1 filament
PDB-9hge: PB1 domain of p62/SQSTM1
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.5 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードPROTEIN FIBRIL / autophagy / filaments / helical reconstruction

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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