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タイトルInactive structures of the vasopressin V2 receptor reveal distinct binding modes for Tolvaptan and Mambaquaretin toxin.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 3899, Year 2025
掲載日2025年4月24日
著者Aurélien Fouillen / Julien Bous / Pierre Couvineau / Hélène Orcel / Charline Mary / Lucie Lafleur / Timothé Pierre / Christiane Mendre / Nicolas Gilles / Gunnar Schulte / Sébastien Granier / Bernard Mouillac /
PubMed 要旨Inhibitors of the arginine-vasopressin (AVP) V2 receptor (V2R) are key therapeutic compounds for treating hyponatremia or polycystic kidney diseases. Rational drug design based on experimental G ...Inhibitors of the arginine-vasopressin (AVP) V2 receptor (V2R) are key therapeutic compounds for treating hyponatremia or polycystic kidney diseases. Rational drug design based on experimental G protein-coupled receptor structures is a powerful avenue to develop better drugs. So far, the lack of inhibitor-bound V2R structures has impaired this strategy. Here we describe the cryo-electron microscopy structures of the V2R in complex with two selective inverse agonists, the non-peptide Tolvaptan (TVP) and the green mamba snake Mambaquaretin toxin (MQ1). Both ligands bind into the orthosteric binding site but with substantial differences. TVP binds deeper than MQ1, and directly contacts the toggle switch residue W284 in the transmembrane domain 6. The Kunitz-fold toxin displays extensive contacts with extracellular and transmembrane residues. As anticipated from TVP and MQ1 pharmacological properties, both structures represent inactive V2R conformations. Their comparison with those of the active AVP-bound V2R reveals the molecular mechanisms modulating receptor activity. The mini-protein MQ1-bound V2R structure suggests a new pharmacology approach for treating water homeostasis and renal diseases.
リンクNat Commun / PubMed:40274867 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.5 - 3.8 Å
構造データ

EMDB-51985: Consensus refinement (Cryo-EM structure of inactive human arginine-vasopressin (AVP) V2 receptor (V2R) with tolvaptan)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-51986: Local refinement TVP-V2R (Cryo-EM structure of inactive human arginine-vasopressin (AVP) V2 receptor (V2R) with tolvaptan)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

EMDB-51987: Local refinement Fab-Nb (Cryo-EM structure of inactive human arginine-vasopressin (AVP) V2 receptor (V2R) with tolvaptan)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

51988

9hap

EMDB-51988, PDB-9hap:
Cryo-EM structure of inactive human arginine-vasopressin (AVP) V2 receptor (V2R) with tolvaptan
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

EMDB-52008: local refinment V2R-MQ39A (cryo-EM structure of inactive human arginine-vasopressin (AVP) V2 receptor (V2R) with Mambaquaretin1 K39A (MQK39A))
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

EMDB-52009: local refinement MQK39A (cryo-EM structure of inactive human arginine-vasopressin (AVP) V2 receptor (V2R) with Mambaquaretin1 K39A (MQK39A))
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-52010: Focused refinement Fab-Nb (cryo-EM structure of inactive human arginine-vasopressin (AVP) V2 receptor (V2R) with Mambaquaretin1 K39A (MQK39A))
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

EMDB-52011: consensus refinement (cryo-EM structure of inactive human arginine-vasopressin (AVP) V2 receptor (V2R) with Mambaquaretin1 K39A (MQK39A))
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

52012

9hb3

EMDB-52012, PDB-9hb3:
cryo-EM structure of inactive human arginine-vasopressin (AVP) V2 receptor (V2R) with Mambaquaretin1 K39A (MQK39A)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

化合物

PDB-1it8:
Crystal structure of archaeosine tRNA-guanine transglycosylase from Pyrococcus horikoshii complexed with archaeosine precursor, preQ0

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • escherichia coli (大腸菌)
  • dendroaspis angusticeps (コブラ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / V2R / TVP / tolvaptan

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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