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タイトルModelling POLG mutations in mice unravels a critical role of POLγΒ in regulating phenotypic severity.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 4782, Year 2025
掲載日2025年5月23日
著者Samantha Corrà / Alessandro Zuppardo / Sebastian Valenzuela / Louise Jenninger / Raffaele Cerutti / Sirelin Sillamaa / Emily Hoberg / Katarina A S Johansson / Urska Rovsnik / Sara Volta / Pedro Silva-Pinheiro / Hannah Davis / Aleksandra Trifunovic / Michal Minczuk / Claes M Gustafsson / Anu Suomalainen / Massimo Zeviani / Bertil Macao / Xuefeng Zhu / Maria Falkenberg / Carlo Viscomi /
PubMed 要旨DNA polymerase γ (POLγ), responsible for mitochondrial DNA replication, consists of a catalytic POLγA subunit and two accessory POLγB subunits. Mutations in POLG, which encodes POLγA, lead to ...DNA polymerase γ (POLγ), responsible for mitochondrial DNA replication, consists of a catalytic POLγA subunit and two accessory POLγB subunits. Mutations in POLG, which encodes POLγA, lead to various mitochondrial diseases. We investigated the most common POLG mutations (A467T, W748S, G848S, Y955C) by characterizing human and mouse POLγ variants. Our data reveal that these mutations significantly impair POLγ activities, with mouse variants exhibiting milder defects. Cryogenic electron microscopy highlighted structural differences between human and mouse POLγ, particularly in the POLγB subunit, which may explain the higher activity of mouse POLγ and the reduced severity of mutations in mice. We further generated a panel of mouse models mirroring common human POLG mutations, providing crucial insights into the pathogenesis of POLG-related disorders and establishing robust models for therapeutic development. Our findings emphasize the importance of POLγB in modulating the severity of POLG mutations.
リンクNat Commun / PubMed:40404629 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.54 - 3.24 Å
構造データ

EMDB-51109, PDB-9g74:
Mouse mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex in replication conformer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.75 Å

EMDB-51110, PDB-9g75:
Mouse mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex in intermediate conformer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.98 Å

EMDB-51111: Mouse mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex in error-editing conformer (consensus map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.87 Å

EMDB-51112: Mouse mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex in error-editing conformer (Local refinement map of subunit A and DNA)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.77 Å

EMDB-51113: Mouse mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex in error-editing conformer (local refinement of subunit B)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-51114: Mouse mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex in error-editing conformer
PDB-9g77: Mouse mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex in error-editing conformer (composite)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.87 Å

EMDB-52815, PDB-9ibx:
Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (mAhB) in replication conformer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.54 Å

EMDB-52816: Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (mAhB) in human-like error-editing conformer (consensus map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.08 Å

EMDB-52817: Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (mAhB) in human-like error-editing conformer (local refinement map of subunit A and DNA)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.02 Å

EMDB-52818: Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (mAhB) in human-like error-editing conformer (local refinement map of subunit B)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.94 Å

EMDB-52819, PDB-9ibz:
Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (mAhB) in human-like error-editing conformer (composite)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.08 Å

EMDB-52820: Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (mAhB) in mouse-like error-editing conformer (consensus map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.24 Å

EMDB-52821: Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (mAhB) in mouse-like error-editing conformer (local refinement map of subunit A and DNA)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.09 Å

EMDB-52822: Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (mAhB) in mouse-like error-editing conformer (local refinement map of subunit B)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.19 Å

EMDB-52823, PDB-9ic0:
Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (mAhB) in mouse-like error-editing conformer (composite)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.24 Å

EMDB-52824, PDB-9ic1:
Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (hAmB) in replication conformer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.73 Å

EMDB-52825: Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (hAmB) in mouse-like error-editing conformer (consensus map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.96 Å

EMDB-52826: Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (hAmB) in mouse-like error-editing conformer (local refinement map of subunit A and DNA)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.87 Å

EMDB-52827: Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (hAmB) in mouse-like error-editing conformer (local refinement map of subunit B)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.87 Å

EMDB-52828, PDB-9ic3:
Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (hAmB) in mouse-like error-editing conformer (composite)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.96 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry

ChemComp-DCP:
2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • synthetic construct (人工物)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSFERASE / Mitochondrial DNA polymerase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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