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タイトルStructure and Function of a Bacterial Gap Junction Analog.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 178, Issue 2, Page 374-384.e15, Year 2019
掲載日2019年7月11日
著者Gregor L Weiss / Ann-Katrin Kieninger / Iris Maldener / Karl Forchhammer / Martin Pilhofer /
PubMed 要旨Multicellular lifestyle requires cell-cell connections. In multicellular cyanobacteria, septal junctions enable molecular exchange between sister cells and are required for cellular differentiation. ...Multicellular lifestyle requires cell-cell connections. In multicellular cyanobacteria, septal junctions enable molecular exchange between sister cells and are required for cellular differentiation. The structure of septal junctions is poorly understood, and it is unknown whether they are capable of controlling intercellular communication. Here, we resolved the in situ architecture of septal junctions by electron cryotomography of cryo-focused ion beam-milled cyanobacterial filaments. Septal junctions consisted of a tube traversing the septal peptidoglycan. Each tube end comprised a FraD-containing plug, which was covered by a cytoplasmic cap. Fluorescence recovery after photobleaching showed that intercellular communication was blocked upon stress. Gating was accompanied by a reversible conformational change of the septal junction cap. We provide the mechanistic framework for a cell junction that predates eukaryotic gap junctions by a billion years. The conservation of a gated dynamic mechanism across different domains of life emphasizes the importance of controlling molecular exchange in multicellular organisms.
リンクCell / PubMed:31299201 / PubMed Central
手法EM (トモグラフィー) / EM (サブトモグラム平均)
解像度25.0 - 35.0 Å
構造データ

EMDB-4949:
Electron cryotomogram of septal region from FIB milled Anabaena sp. PCC7120 wild type filament
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-4950:
Electron cryotomogram of septal region from FIB milled Anabaena sp. PCC7120 gfp-fraD expressing filament
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-4951:
Electron cryotomogram of septal region from FIB milled Anabaena sp. PCC7120 SjcF1 mutant filament
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-4952:
Electron cryotomogram of septal region from FIB milled Anabaena sp. PCC7120 SepJ mutant filament
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-4953:
Electron cryotomogram of septal region from FIB milled Anabaena sp. PCC7120 FraD mutant filament
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-4954:
Electron cryotomogram of septal region from FIB milled Anabaena sp. PCC7120 FraC/FraD mutant filament
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-4955:
Electron cryotomogram of septal region from FIB milled Anabaena sp. PCC7120 FraC mutant filament
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-4956:
Electron cryotomogram of septal region from FIB milled Anabaena sp. PCC7120 AmiC1 mutant filament
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-4957:
Electron cryotomogram of septal region from FIB milled Anabaena sp. PCC7120 wild type filament after CCCP treatment
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-4961:
Subtomogram average of septal junctions from Anabaena sp. PCC7120 after 45s CCCP treatment
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 35.0 Å

EMDB-4962:
Subtomogram average of septal junctions from Anabaena sp. PCC7120 in the closed state after CCCP treatment
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 28.0 Å

EMDB-4963:
Subtomogram average of septal junctions from Anabaena sp. PCC7120 in the open state after washing out CCCP
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 35.0 Å

EMDB-4964:
Subtomogram average of septal junctions from Anabaena sp. PCC7120 AmiC1 mutant
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 35.0 Å

EMDB-4965:
Subtomogram average of septal junctions from Anabaena sp. PCC7120 SepJ mutant
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 35.0 Å

EMDB-4966:
Subtomogram average of septal junctions from Anabaena sp. PCC7120 SjcF1 mutant
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 35.0 Å

EMDB-4967:
Subtomogram average of septal junctions from Anabaena sp. PCC7120 gfp-fraD expressing mutant
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 28.0 Å

EMDB-4968:
Subtomogram average of septal junctions from Anabaena sp. PCC7120 after 24h in the dark
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 35.0 Å

EMDB-4969:
Subtomogram average of septal junctions from Anabaena sp. PCC7120 in the open state
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 25.0 Å

由来
  • Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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