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タイトルA conserved PIWI silencing complex detects piRNA-target engagement.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 85, Issue 17, Page 3275-33287.e7, Year 2025
掲載日2025年9月4日
著者Dipayan De / Sucharita Sarkar / Luca F R Gebert / Timothy Wiryaman / Todd A Anzelon / Ian J MacRae /
PubMed 要旨In animal germ cells, PIWI proteins use piRNAs to detect active selfish genetic elements. Base-pairing to a piRNA defines transposon recognition, but how this interaction triggers a defensive ...In animal germ cells, PIWI proteins use piRNAs to detect active selfish genetic elements. Base-pairing to a piRNA defines transposon recognition, but how this interaction triggers a defensive response remains unclear. Here, we identify a transposon recognition complex composed of the silkworm proteins Siwi, GTSF1, and Maelstrom. Biochemical and cryo-electron microscopy (cryo-EM) analyses show that extended piRNA-target pairing locks Siwi in a conformation that recruits GTSF1 and Maelstrom. Extended piRNA-target pairing is recognized by the N-terminal helix of Maelstrom and the first zinc finger of GTSF1, which act together to hold Siwi in an endonucleolytically active state. The resulting activated complex, termed Siwi, rapidly cleaves target RNAs and recruits the piRNA biogenesis factor Spindle-E. Structural predictions reveal related complexes in animals ranging from humans to sponges, indicating PIWI assembly is a conserved transposon recognition mechanism employed broadly across the metazoan kingdom.
リンクMol Cell / PubMed:40912244 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.6 - 4.2 Å
構造データ

49407

9nhb

EMDB-49407, PDB-9nhb:
Cryo-EM structure of SIWI-piRNA-target(25-nt)-GTSF1 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

49408

9nhc

EMDB-49408, PDB-9nhc:
Cryo-EM structure of SIWI-piRNA-target(49-nt)-GTSF1-Maelstrom complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

49409

9nhd

EMDB-49409, PDB-9nhd:
Cryo-EM structure of SIWI-piRNA-target(49-nt)-GTSF1-Maelstrom complex (conformation 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

49410

9nhe

EMDB-49410, PDB-9nhe:
Cryo-EM structure of SIWI-piRNA-target(49-nt)-Maelstrom complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

49422

9nhs

EMDB-49422, PDB-9nhs:
Cryo-EM structure of SIWI-piRNA-target(39-nt)-GTSF1-Maelstrom-Spindle-E complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • bombyx mori (カイコ)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / SIWI / GTSF1 / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex / Maelstrom / Spindle-E

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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