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タイトルMechanistic insights into RNA chaperoning by Ro60 and La autoantigens.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 189, Issue 4, Page 1135-1152.e23, Year 2026
掲載日2026年2月19日
著者Hyeyeon Nam / Justin C Deme / Soyeong Sim / Marco Boccitto / Susan M Lea / Sandra L Wolin /
PubMed 要旨Although ATP-independent chaperones assist RNA folding, the mechanisms by which they function remain elusive. Here, we demonstrate how two RNA chaperones collaborate to unfold misfolded noncoding ...Although ATP-independent chaperones assist RNA folding, the mechanisms by which they function remain elusive. Here, we demonstrate how two RNA chaperones collaborate to unfold misfolded noncoding RNAs (ncRNAs). The ring-shaped Ro60 protein binds the ends of misfolded ncRNAs in its cavity, whereas La stabilizes nascent ncRNAs and assists their folding. Using cryo-electron microscopy to resolve the structure of a misfolded RNA complexed with Ro60 and La, we show that La cradles the Ro60 ribonucleoprotein (RNP), with its N-terminal domain binding the RNA 3' end after it passes through the Ro60 cavity, while its C-terminal domain destabilizes structures in the misfolded RNA body. Using selective 2'-hydroxyl acylation analyzed by primer extension and mutational profiling (SHAPE-MaP), we show that La and Ro60 function synergistically to unfold non-native structures. As the RNAs bound by Ro60 and La include both ncRNA precursors and ncRNAs with oligouridine tails, this RNA chaperone machine may function widely to recognize misfolded and otherwise aberrant ncRNAs and assist their unfolding.
リンクCell / PubMed:41610850 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 3.5 Å
構造データ

EMDB-49327: Cryo-EM structure of Ro60/U-tailed 5S rRNA complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-49328, PDB-9nen:
Cryo-EM structure of human Ro60
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-49329, PDB-9nep:
Cryo-EM structure of Ro60/minimal misfolded pre-5S rRNA complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-49353: Cryo-EM structure of Ro60/La/truncated misfolded human pre-5S rRNA complex with Fab, consensus map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-49354: Cryo-EM structure of Ro60/La/truncated misfolded human pre-5S rRNA complex with Fab, focused map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-49355, PDB-9nf8:
Cryo-EM structure of Ro60/La/truncated misfolded human pre-5S rRNA complex with Fab, composite map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-49357: Cryo-EM structure of Ro60/La/minimal misfolded pre-5S rRNA complex with Fab, consensus map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-49358: Cryo-EM structure of Ro60/La/minimal misfolded pre-5S rRNA complex with Fab, N-term La/Fab focused map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-49359: Cryo-EM structure of Ro60/La/minimal misfolded pre-5S rRNA complex with Fab, C-term La focused map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-49360, PDB-9nfa:
Cryo-EM structure of Ro60/La/minimal misfolded pre-5S rRNA complex with Fab, composite map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • xenopus laevis (アフリカツメガエル)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Ro60 autoantigen / RNA chaperone / RNA folding / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex / La autoantigen

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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