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タイトルMapping the sialic acid-binding sites of LuIII and H-1 parvovirus.
ジャーナル・号・ページJ Virol, Vol. 99, Issue 8, Page e0029725, Year 2025
掲載日2025年8月19日
著者Kevin Busuttil / Nikéa Pittman / Jon Zachary / Sujata Halder / Lorena Geilen / Amriti Singh / Adam Misseldine / Paulina Kaplonek / Paul Chipman / Jaime Heimburg-Molinaro / Peter H Seeberger / Mario Mietzsch / Antonette D Bennett / Robert McKenna /
PubMed 要旨Oncolytic protoparvoviruses, including LuIII, H-1 parvovirus (H-1PV), and the prototypic strain of minute virus of mice (MVMp), can target and destroy cancer cells. Host cell targeting is based ...Oncolytic protoparvoviruses, including LuIII, H-1 parvovirus (H-1PV), and the prototypic strain of minute virus of mice (MVMp), can target and destroy cancer cells. Host cell targeting is based largely on the identification and interaction of the virus with the primary receptor. Previously, it has been shown that MVMp and H-1PV bind to sialic acid (SIA), which is the primary glycan receptor. This study investigates whether LuIII also utilizes a similar glycan for host cell attachment. Microarray analysis confirmed that α2-3-linked SIA is a shared receptor requirement for cell binding for all three viruses. Three glycans were identified in the array, namely, Neu5Acα2-3Galβ1-4GlcNAcβ1-3Galβ1-4GlcNAc, Neu5Acα2-3Galβ1-4GlcNAcβ1-3Galβ1-4GlcNAcβ1-3Galβ1-4GlcNAc, and Neu5Acα2-3Galβ1-4(Fucα1-3)-GlcNAcβ1-3-Galβ1-4(Fucα1-3)-GlcNAc. The cryo-EM structures of the LuIII and H-1PV glycan complexes were determined to resolutions ranging from 2.57 to 2.88 Å. Small structural perturbations were observed between the cryo-EM map and the previous X-ray crystallographic maps for H-1PV, including several histidine residues within the HI loop. Overall, LuIII and H-1PV utilize a shared SIA recognition pocket near the icosahedral twofold axis adjacent to (but not overlapping with) the known MVMp SIA binding site. In addition, structural differences between the major capsid protein (VP2) of LuIII, H-1PV, and MVMp all clustered around these glycan-binding pockets. This structural phenotype may contribute to the differences observed in tumor cell killing efficiency among the rodent protoparvoviruses.
IMPORTANCE: Oncolytic viruses could provide a safe alternative for targeting aggressive tumors that evade standard therapies. While rodent protoparvoviruses are innocuous in non-cancerous cells, they carry out efficient cell killing in tumors. Differences in cell tropism and killing efficiency are determined by the viral capsid proteins; thus, structural studies provide insight into understanding the protoparvovirus infection in both wild-type and cancerous cells. Binding to extracellular sialic acid (SIA) initiates cell entry for protoparvoviruses H-1PV, MVMp, and this is also hypothesized for LuIII. This study investigates the structures of LuIII and H-1PV in the presence of their glycan receptors to identify and map the capsid loci that are responsible for this interaction. This knowledge may aid future capsid engineering to improve oncolytic targeting efficiency.
リンクJ Virol / PubMed:40704809 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.57 Å
構造データ

49228

9nbg

EMDB-49228, PDB-9nbg:
H-1 Parvovirus VLP - Glycan [s(Lex)2]
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.57 Å

由来
  • h-1 parvovirus (ウイルス)
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / Icosahedron / Virus / Glycan / Complex / Receptor

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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